<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div apple-content-edited="true"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; ">I need to unload some taxonomic bugbears even if I might be fundamentally wrong about some things.<div><br></div><div>1. &nbsp; I hate, and have always hated, the term "taxon concept." &nbsp;It implies that the distinction between a taxon name and a concept is somehow special. &nbsp;Is it inaccurate to think of names as the "word"s used in taxonomy and concepts are the "definitions". &nbsp; Geographical names have similar issues. &nbsp;Don't many regular words themselves suffer this 'concept' problem? &nbsp;Even the word 'concept' suffers the concept problem. [1] &nbsp;I personally prefer to use the term 'taxon definition' when describing the issue to anyone who doesn't read this list. It keeps their yes from glazing over. &nbsp;It's easier for me to digest too.</div><div><br></div><div>2. I get very anxious when I get involved in discussions on "sensu" this and "name-usage" that which subsequently link to taxon references that don't actually resolve to anything resembling the actual definition of a taxon! &nbsp;It seems madness to have nearly any use of a taxon be a distinct concept because someone might have a different thought in their head about what the 'definition' is.</div><div><br></div><div>3. My opinion is that&nbsp;only&nbsp;distinct concepts should be distinctly identified. &nbsp; What distinguishes a distinct taxonomic concept? &nbsp; One that provides evidence of its circumscription[2] or, more succinctly, a "definition". &nbsp;&nbsp;</div><div><br></div><div>4. ideally the elements used to define a taxon circumscription would be something machine-comparable so you could automagically compare concepts and infer relationships. &nbsp;&nbsp;It seems most concept-to-concept mappings I've come across, on the other hand, are based on the non-evidence of someone saying A is broader than B and simply recording it that way. &nbsp;</div><div><br></div><div>5. What elements can be used to describe the circumscription of a taxon? &nbsp;I've come across:</div><blockquote class="webkit-indent-blockquote" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 40px; border-top-style: none; border-right-style: none; border-bottom-style: none; border-left-style: none; border-width: initial; border-color: initial; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; "><div>a. specimens - I believe this is what Jessie and Martin Pullen, et al. preferred in the Prometheus work [3]. &nbsp;</div><div>b. Types/Original descriptions - I like this way of doing things. &nbsp;In my opinion it provides the most flexibility for using taxonomy to improve discovery and access to species information.</div><div>c. &nbsp;Morphological characters - Fundamentally I think these must actually be resolved to (a) or (b) above, &nbsp;don't they? &nbsp;Seems useful though.</div><div>d. Geospatial distribution - iNaturalist does a nice job of distinguishing concepts this way but I don't believe it's actually the definition. &nbsp; What a pain to make machine-comparable too.</div><div>e. Synonymy - This seems to be how some define their taxa but without a clear distinction between taxonomy and nomenclature I don't see how it can work. Adding a nomenclatural synonym changes nothing regarding the circumscription. &nbsp;So fundamentally this approach has to tie names back to (b) above. &nbsp;At least if I know that my definition of Gorilla gorilla includes the types for berengei and graueri, and you think they are all distinct than my Gorilla is broader than yours. &nbsp;</div><div>f. DNA - I really don't know anything about that.</div><div><br></div></blockquote>6. Lastly, I worry a bit about using the hierarchical ancestry of a taxon as part of its definition. &nbsp;For species I suppose the parent taxon could be considered an attribute of the concept/definition. &nbsp;But for higher taxa it makes no sense at all. &nbsp;&nbsp;<div><br></div><div>Anyway, &nbsp;it's off my chest. &nbsp;I bring it all up for two reasons. &nbsp;I've rarely come across a term used more ambiguously than the term "taxon concept" and subsequently I've been very nervous about assessing different approaches to modeling them.</div><div><br></div><div>best from Woods Hole</div><div>Dave Remsen<br><div><br></div><div>[1]&nbsp;<a href="http://www.thefreedictionary.com/concept">http://www.thefreedictionary.com/concept</a></div><div>[2] The "word circumscription," itself has at least four senses. &nbsp;<a href="http://www.thefreedictionary.com/circumscription">http://www.thefreedictionary.com/circumscription</a> - I prefer circumscription sensu 1.</div><div>[3]&nbsp;<span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important; float: none; ">Raguenaud, C., Pullan, M.R., Watson, M.,&nbsp;</span><a href="http://www.iidi.napier.ac.uk/c/people/peopleid/41" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; text-decoration: none; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Kennedy, J.</a><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important; float: none; ">, Newman, M., Barclay, P. (2002).&nbsp;</span><a class="colorRed" href="http://www.iidi.napier.ac.uk/c/publications/publicationid/278988" style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; text-decoration: none; color: rgb(190, 41, 46); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Implementation of the Prometheus Taxonomic Model: a comparison of database systems</a><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important; float: none; ">.&nbsp;</span><i style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">Taxon</i><span style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">,&nbsp;<i style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; ">51</i></span><span style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">(1)</span><span style="margin-top: 0px; margin-right: 0px; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; padding-top: 0px; padding-right: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); ">, 131-142</span><span style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12px; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: left; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; background-color: rgb(255, 255, 255); display: inline !important; float: none; ">.</span></div></div></span><br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br><div><div>On Nov 28, 2012, at 2:28 PM, Richard Pyle wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>Oi Vey!<br><br>OK, I’m not sure whether it’s best to respond to the email list, or comment<br>on the post, so I’ll do both.<br><br>First…. There technically isn’t &nbsp;a “ZooBank data model”. &nbsp;ZooBank isn’t a<br>database, it’s a service build on the Global Names Usage Bank (GNUB)<br>database. &nbsp;The GNUB database is MUCH broader in scope than ZooBank. &nbsp;ZooBank<br>is only concerned with the specific subset of TNUs that involve<br>nomenclatural acts as governed by the ICZN Code. &nbsp;There are many, many, many<br>more TNUs that are not nomenclatural acts, and/or involve names outside the<br>scope of Zoology. &nbsp;<br><br>Second, like many other database projects, we’ve focused our available time<br>much more on “doing”, rather than documenting. &nbsp;However, it’s becoming<br>increasingly clear that we need much more documentation about the GNUB data<br>model, and I’ll try to bump that task up the priority list for the coming<br>weeks. For now, I’ve uploaded four images to the ZooBank server showing the<br>table relationships:<br><br><a href="http://zoobank.org/images/TaxonNameUsageCluster.jpg">http://zoobank.org/images/TaxonNameUsageCluster.jpg</a><br>http://zoobank.org/images/ReferenceCluster.jpg<br>http://zoobank.org/images/AgentCluster.jpg<br>http://zoobank.org/images/CoreTables.jpg<br><br>The first of these will be the most helpful to this discussion; but the<br>others are of potential interest. &nbsp;Also, this is the data model as it now<br>stands. &nbsp;Following a very productive meeting last April, there is a draft<br>new data model that is mostly the same, but adds more capability to capture<br>specific details about name usages. &nbsp;But the general data model remains the<br>same.<br><br>Now, on to Rod’s post:<br><br>1) Nice choice of the example species!<br><br>2) The graph looks mostly right, but it’s hard in some cases to figure out<br>what labels go with what arrows. &nbsp;For example, the “protonym” in the<br>upper-left corner of the image seems to apply to the vertical solid line<br>connecting the top-left oval (which should be labeled "Belonoperca Fowler &amp;<br>Bean, 1930 sensu Eschmeyer 2004 "), and the other "protonym" applies to the<br>recursive link for the protonym itself. &nbsp;Similarly, the parentusageuuid off<br>to the left applies to the vertical arrow from Belonoperca F&amp;B to Serranidae<br>sensu F&amp;B. &nbsp;It took me a while to figure out what was going on with the<br>labeling of arrows.<br><br>3) Another issue with the graph is that the dotted lines from the three<br>"sensu" TNUs to the respective original description publications are not<br>links that actually exist in the data model, so it seems inappropriate to<br>represent them in the graph.<br><br>4) While it's fair to say that the graph may look "to look a tad<br>complicated" -- is it any more complicated than it needs to be? &nbsp;After you<br>get rid of the superfluous dashed lines from the "sensu" usages to the<br>original publications, what specific pieces of information represented do<br>you feel are not necessary to reflect taxonomic information? Taxonomy is,<br>after all, a tad complicated in how it has worked over the past 250 years.<br>I think part of the reason why many of the myriad existing databases don't<br>quite fulfill the overall needs is that they aren't quite complicated<br>enough. &nbsp;In other words, too many databases take too many shortcuts in<br>representing information, thereby reducing the overall utility.<br><br>I have a major report due on Friday, so I can't respond in more detail now;<br>but I will be glad to address any points of confusion or elaborate more<br>completely on how the GNUB data model is structured (and why it is<br>structured the way it is) next week.<br><br>Aloha,<br>Rich<br><br><br>Richard L. Pyle, PhD<br>Database Coordinator for Natural Sciences<br>Associate Zoologist in Ichthyology<br>Dive Safety Officer<br>Department of Natural Sciences, Bishop Museum<br>1525 Bernice St., Honolulu, HI 96817<br>Ph: (808)848-4115, Fax: (808)847-8252<br>email: deepreef@bishopmuseum.org<br>http://hbs.bishopmuseum.org/staff/pylerichard.html<br><br>Note: This disclaimer formally apologizes for the disclaimer below, over<br>which I have no control.<br><br><br><br><br>From: Roderic Page [mailto:r.page@bio.gla.ac.uk] <br>Sent: Wednesday, November 28, 2012 1:04 AM<br>To: Richard Pyle<br>Cc: 'Steve Baskauf'; tdwg-rdf@googlegroups.com; Tony.Rees@csiro.au;<br>pmurray@anbg.gov.au; Simon.Pigot@csiro.au; J.Kennedy@napier.ac.uk;<br>eotuama@gbif.org; tdwg-tag@lists.tdwg.org; 'David Patterson'<br>Subject: Re: [tdwg-rdf: 105] Re: [tdwg-tag] Any TCS users with experiences<br>to report?<br><br>To try and get my head around the various models of taxon names, usages, and<br>concepts being discussed I've created a graph of my understanding of the<br>data model underlying<br>ZooBank&nbsp;http://iphylo.blogspot.co.uk/2012/11/zoobank-data-model.html . This<br>may or may not reflect the actual situation, I'll leave that to Rich to<br>comment on.<br><br>Regards<br><br>Rod<br><br>---------------------------------------------------------<br>Roderic Page<br>Professor of Taxonomy<br>Institute of Biodiversity, Animal Health and&nbsp;Comparative Medicine<br>College of Medical, Veterinary and Life&nbsp;Sciences<br>Graham Kerr Building<br>University of Glasgow<br>Glasgow G12 8QQ, UK<br><br>Email:&nbsp;r.page@bio.gla.ac.uk<br>Tel: +44 141 330 4778<br>Fax: +44 141 330 2792<br>Skype: rdmpage<br>Facebook:&nbsp;http://www.facebook.com/rdmpage<br>Twitter:&nbsp;http://twitter.com/rdmpage<br>Blog:&nbsp;http://iphylo.blogspot.com<br>Home page:&nbsp;http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html<br>Citations:&nbsp;http://scholar.google.co.uk/citations?hl=en&amp;user=4Z5WABAAAAAJ<br><br><br>_______________________________________________<br>tdwg-tag mailing list<br>tdwg-tag@lists.tdwg.org<br>http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-tag<br></div></blockquote></div><br></body></html>