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<div class=Section1>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Hi David,<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>I took a look at the page <a
href="http://code.google.com/p/taxon-name-processing/wiki/TdwgSession2009">http://code.google.com/p/taxon-name-processing/wiki/TdwgSession2009</a>
which has an agenda and some documentation prepared in advance of the workshop
you mention, but no summary of the discussion or action items. Does such exist
somewhere else, and/or could it be added to that page perhaps?<o:p></o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'>Cheers - Tony<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face=Arial><span style='font-size:
10.0pt;font-family:Arial;color:navy'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center tabindex=-1>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal><b><font size=2 face=Tahoma><span lang=EN-US
style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma;font-weight:bold'>From:</span></font></b><font
size=2 face=Tahoma><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;font-family:Tahoma'>
tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org [mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org] <b><span
style='font-weight:bold'>On Behalf Of </span></b>David Remsen (GBIF)<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Friday, 9 July 2010 6:27 AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> tdwg-content@lists.tdwg.org
Mailing List<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> Technical Architecture Group
mailing list<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> Re: [tdwg-tag] [tdwg-content]
WPS for Names</span></font><span lang=EN-US><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>You may recall that at the name processing meeting at TDWG last year
there were many presentations on name recognition, &nbsp;discovery, and
matching (terms we distinguished at a 2009 workshop and documented at&nbsp;<a
href="http://code.google.com/p/taxon-name-processing/)">http://code.google.com/p/taxon-name-processing/)</a>
and one outcome was the need to polish and operationalise some of these
services. &nbsp; At GBIF, &nbsp;we undertook the following:<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Supported the refinement of uBio's TaxonFinder ,&nbsp;&nbsp;a
name-recognition service. &nbsp; This upgrade uncoupled the service from client
functions that were hard-coded into the original, &nbsp;abstracted ubio
name-service lookups from the service, &nbsp;and conforms to an API that
returns found names as dwc:scientificName &nbsp;&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Our version is here&nbsp;(<a
href="http://code.google.com/p/taxon-name-processing/wiki/NameFindingAPI">http://code.google.com/p/taxon-name-processing/wiki/NameFindingAPI</a>)
and is near ready for release. &nbsp; &nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Markus has experimented with a Lucene-based name-matching algorithm
which has a lot of promise but needs more dedicated time to be operational but
it conforms to the same API.<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>We also supported the port of TaxaMatch to PHP and I have been
discussing some refinements of this with Mike Giddens to get this service port
into a more simplified and localised web application that basically allows a
user to provide one or more name indexes that serve as target lexicons. &nbsp;
These could be derived via simple lists or database links. &nbsp; I'd like to
see the response conform to the same or extended output format as the name
finding API. &nbsp; What we really want are simple solutions that do small
things well.<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Best,<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>David Remsen<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div><span style='orphans: 2;text-align:auto;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;
-webkit-border-vertical-spacing: 0px;-webkit-text-decorations-in-effect: none;
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orphans: 2;widows: 2;word-spacing:0px'><span style='orphans: 2;widows: 2;
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-webkit-text-size-adjust: auto;orphans: 2;widows: 2;word-spacing:0px'><span
style='orphans: 2;widows: 2;-webkit-border-horizontal-spacing: 0px;-webkit-border-vertical-spacing: 0px;
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<div style='word-wrap: break-word;-webkit-nbsp-mode: space;-webkit-line-break: after-white-space'>

<div style='word-wrap: break-word;-webkit-nbsp-mode: space;-webkit-line-break: after-white-space'>

<div style='word-wrap: break-word;-webkit-nbsp-mode: space;-webkit-line-break: after-white-space'>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>----------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>David Remsen, Senior
Programme Officer<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Electronic Catalog of
Names of Known Organisms<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Global Biodiversity
Information Facility Secretariat<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Universitetsparken
15, DK-2100 <st1:place w:st="on"><st1:City w:st="on">Copenhagen</st1:City>, <st1:country-region
 w:st="on">Denmark</st1:country-region></st1:place><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Tel:
+45-35321472&nbsp; &nbsp;Fax: +45-35321480<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Mobile +45 28751472<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>Skype: dremsen<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'>----------------------------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=1 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:9.0pt;font-family:Helvetica;color:black'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=4 color=black face=Helvetica><span
style='font-size:13.5pt;font-family:Helvetica;color:black'></span><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</span></span></span></span>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'></span><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>On Jul 7, 2010, at 7:15 PM, Matt Jones wrote:<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><br>
<br>
<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Kevin,<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>Also of relevance would be the work that iPlant is sponsoring on a
Taxonomic Name Resolution Service (TNRS) -- see:&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><a
href="https://pods.iplantcollaborative.org/wiki/display/iptol/TNRS+Workshop">https://pods.iplantcollaborative.org/wiki/display/iptol/TNRS+Workshop</a>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>for background on a recent workshop for this activity. I'm sure they'd
be interested in collaborating. &nbsp;I think Brian Enquist would have a good
idea of progress on the project and would be able to provide more details.<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><font size=3
face="Times New Roman"><span style='font-size:12.0pt'>Matt<o:p></o:p></span></font></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>On Wed, Jul 7, 2010 at 1:49 PM, Evgeniy Meyke &lt;<a
href="mailto:evgeniy@earthcape.com">evgeniy@earthcape.com</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></span></font></p>

<div link=blue vlink=purple>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=FI style='font-size:
12.0pt;color:#1F497D'>Hi Kevin, Tony, and all</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=FI style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>As one of the very likely consumers of
such a service I&#8217;ll be following this with great interest.</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-US style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>A quick question at this point. Is
anything like this planned for GNA (<a href="http://www.globalnames.org"
target="_blank">www.globalnames.org</a>)? or GBIF? </span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-US style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=EN-US
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>Evgeniy</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-US style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><font
size=2 face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;
font-weight:bold'>From:</span></font></b><font size=2><span lang=EN-US
style='font-size:10.0pt'> <a href="mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org"
target="_blank">tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org</a> [mailto:<a
href="mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org</a>]
<b><span style='font-weight:bold'>On Behalf Of </span></b><st1:PersonName
w:st="on">Kevin Richards</st1:PersonName><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> 8. heinäkuuta 2010 0:32<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> <a
href="mailto:Tony.Rees@csiro.au">Tony.Rees@csiro.au</a>; <a
href="mailto:tdwg-tag@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag@lists.tdwg.org</a></span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=FI
style='font-size:12.0pt'><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> <a
href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal><b><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=FI
style='font-size:12.0pt;font-weight:bold'>Subject:</span></font></b><span
lang=FI> Re: [tdwg-tag] WPS for Names<o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=FI
style='font-size:12.0pt'><o:p>&nbsp;</o:p></span></font></p>

</div>

</div>

</div>

<div>

<div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=FI
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;<o:p></o:p></span></font></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>Thanks Tony.&nbsp; I would be interested
in any collaboration we can do in this area (assuming I find 5 minutes to work
on it&nbsp; :-))</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>There seems to be several approaches to
name matching/integration &#8211; one working with the name strings, and one working
with more structured data.&nbsp; It would be good to clarify and perhaps
standardise these approaches.&nbsp; (the second approach is discussed in a
recent paper of mine).&nbsp; </span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>It does indeed become a slippery slope,
and this is one of the reasons I am keen to promote some sort of
infrastructure/configurability of a matching system, so that end users can
configure a matching algorithm/workflow to suit their particular data.</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>Kevin</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 color="#1f497d" face="Times New Roman"><span
lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt;color:#1F497D'>&nbsp;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><font
size=2 face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;
font-weight:bold'>From:</span></font></b><font size=2><span lang=EN-US
style='font-size:10.0pt'> <a href="mailto:Tony.Rees@csiro.au">Tony.Rees@csiro.au</a>
[mailto:<a href="mailto:Tony.Rees@csiro.au" target="_blank">Tony.Rees@csiro.au</a>]
<br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Wednesday, 7 July 2010 7:06
p.m.<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> <st1:PersonName w:st="on">Kevin
 Richards</st1:PersonName>; <a href="mailto:tdwg-tag@lists.tdwg.org"
target="_blank">tdwg-tag@lists.tdwg.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> <a
href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> RE: WPS for Names</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 color=navy face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt;
color:navy'>Dear all (actually: I&#8217;m not sure who are the recipients currently
on tdwg-tag, maybe I will now find out!!)</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face="Times New Roman"><span
style='font-size:10.0pt;color:navy'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 color=navy face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt;
color:navy'>As some on this list may be aware, this is an area that has been of
interest to me for quite some time (for example see: <a
href="http://taxacom.markmail.org/message/ywq7ijiaeks7heiv" target="_blank">http://taxacom.markmail.org/message/ywq7ijiaeks7heiv</a>
), so happy to see what can be done in this space.</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face="Times New Roman"><span
style='font-size:10.0pt;color:navy'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 color=navy face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt;
color:navy'>Currently my algorithm is web accessible and tests designated genus
names against genus names held, and genus+species combinations against both
genus only, and genus+species combinations as held in my &#8220;IRMNG&#8221; reference
database (search entry point is at <a
href="http://www.cmar.csiro.au/datacentre/irmng/" target="_blank">http://www.cmar.csiro.au/datacentre/irmng/</a>
if interested). I am also planning to implement a degree of cross-rank matching
shortly, e.g. if a subgenus is supplied, test this as a possible genus against
genus+species combinations (as this often turns out to be the reason for a
direct mismatch in practice), same with infraspecies vs. subspecies (my current
interface does not yet handle infraspecies, and just detect then &#8220;parks&#8221;
apparent subgenera, but the intention is to handle these as testable components
in due course).</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face="Times New Roman"><span
style='font-size:10.0pt;color:navy'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 color=navy face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt;
color:navy'>Maybe I will set up the above options and let you know as available
for testing. Also I may look for genus+species concatenated (think
Homosapiens), genus+subgenus+species with missing brackets around subgenus, and
maybe other things, as per my somewhat extensive exposure to otherwise
non-resolved namestrings floating around in OBIS/GBIF data provider space. Of
course it is a slippery slope; other examples are family in genus field and
vice versa, or common name similar; genus and species reversed; truncated names
not flagged as such; abbreviated genera (which I already handle as exact, but
not fuzzy matches at this time, at least as &#8220;H. sapiens&#8221; etc.); more..</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face="Times New Roman"><span
style='font-size:10.0pt;color:navy'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 color=navy face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt;
color:navy'>Any comments on the above welcome,</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face="Times New Roman"><span
style='font-size:10.0pt;color:navy'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 color=navy face="Times New Roman"><span style='font-size:10.0pt;
color:navy'>Regards - Tony</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face="Times New Roman"><span
style='font-size:10.0pt;color:navy'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=2 color=navy face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:
10.0pt;color:navy'>Tony Rees<br>
Manager, Divisional Data Centre,<br>
CSIRO Marine and Atmospheric&nbsp;Research,<br>
GPO <st1:address w:st="on"><st1:Street w:st="on">Box</st1:Street> 1538</st1:address>,<br>
<st1:City w:st="on">Hobart</st1:City>, <st1:State w:st="on">Tasmania</st1:State>
7001, <st1:country-region w:st="on"><st1:place w:st="on">Australia</st1:place></st1:country-region><br>
Ph: 0362 325318 (Int: +61 362 325318)<br>
Fax: 0362 325000 (Int: +61 362 325000)<br>
e-mail: <a href="mailto:Tony.Rees@csiro.au" target="_blank"
title="mailto:Tony.Rees@csiro.au">Tony.Rees@csiro.au</a><br>
Manager, OBIS <st1:country-region w:st="on"><st1:place w:st="on">Australia</st1:place></st1:country-region>
regional node, <a href="http://www.obis.org.au/" target="_blank">http://www.obis.org.au/</a>
<br>
Biodiversity informatics research activities: <a
href="http://www.cmar.csiro.au/datacentre/biodiversity.htm" target="_blank">http://www.cmar.csiro.au/datacentre/biodiversity.htm</a><br>
Personal info:&nbsp;<a
href="http://www.fishbase.org/collaborators/collaboratorsummary.cfm?id=1566"
target="_blank"
title="http://www.fishbase.org/collaborators/collaboratorsummary.cfm?id=1566">http://www.fishbase.org/collaborators/collaboratorsummary.cfm?id=1566</a></span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=2 color=navy face="Times New Roman"><span
style='font-size:10.0pt;color:navy'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><b><font
size=2 face="Times New Roman"><span lang=EN-US style='font-size:10.0pt;
font-weight:bold'>From:</span></font></b><font size=2><span lang=EN-US
style='font-size:10.0pt'> <a href="mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org"
target="_blank">tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org</a> [mailto:<a
href="mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org</a>]
<b><span style='font-weight:bold'>On Behalf Of </span></b><st1:PersonName
w:st="on">Kevin Richards</st1:PersonName><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Sent:</span></b> Wednesday, 7 July 2010 11:55
AM<br>
<b><span style='font-weight:bold'>To:</span></b> <a
href="mailto:tdwg-tag@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag@lists.tdwg.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Cc:</span></b> <a
href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>
<b><span style='font-weight:bold'>Subject:</span></b> [tdwg-tag] WPS for Names</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span style='font-size:
12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>I have
been pondering taxon name matching type services lately&#8230;</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>I
wonder if the OGC WPS (Web Processing Service) would make a good platform for
integrating the various name matching algorithms that are being worked on
lately.</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>I was
imagining something like a web interface where you can go to and view a list of
the available algorithms and select different algorithms in different orders to
get the best set of match results your own list of name strings/data.</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>If
everyone set up their algorithms as a WPS then this interface would call each
WPS in the appropriate order until then end of the configured workflow path.</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>UI
something like (in diagram):</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'><img
border=0 width=658 height=618 id="_x0000_i1026" src="%20"></span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>Where
the bottom part is configurable by the user.&nbsp; Each box being a
representation of a WPS service for doing the match.</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>Any
thoughts?</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>Perhaps
something that could be discussed at TDWG?</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>One
issue would be how to define/specify the list of names to match against &#8211; then
when you pass the processing of a match routine how would it access the names
list to match??&nbsp; Perhaps it could all be based on one server and people
could submit algorithm/WPS services to it?</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>Hmmmm,
will keep dreaming &#8230;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>Kevin</span></font><span
lang=FI><o:p></o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div>

<p class=MsoNormal><font size=3 face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ
style='font-size:12.0pt'>&nbsp;</span></font><span lang=FI><o:p></o:p></span></p>

</div>

<div class=MsoNormal align=center style='text-align:center'><font size=3
face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:12.0pt'>

<hr size=2 width="100%" align=center>

</span></font></div>

<p class=MsoNormal style='mso-margin-top-alt:auto;mso-margin-bottom-alt:auto'><font
size=1 color=green face="Times New Roman"><span lang=EN-NZ style='font-size:
7.5pt;color:green'>Please consider the environment before printing this email<br>
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