I think there maybe a difference in how people thing about species identifiers:<div><br></div><div>1) Some, mainly conservationists, ecologists, medical entomologists etc. want a stable identifier that they can use to connect their data and publications</div>
<div>    to.</div><div><br></div><div>2) Others, often taxonomists, want an identifier that conveys information about  the different ways that a species may connect to the phylogenetic tree.</div><div><br></div><div>Another way of thinking about this is that the taxonomic hypothesis for a given species is subordinate and ephemeral compared to the species itself.</div>
<div><br></div><div>The people in group 1 do not think of the species description as the species, they think of it as a human attempt to describe and delimit a species.</div><div><br></div><div>One of the problems I had with the current system is that records tagged by name and uBio LSID will see <i>Aedes triseriatus</i> and <i>Ochlerotatus triseriatus</i></div>
<div>as different things when people in group 1 see them as the same thing with two different taxonomic hypotheses.</div><div><br></div><div>Here is a page that explains my thinking: <a href="http://about.geospecies.org/">http://about.geospecies.org/</a></div>
<div><br></div><div>Here is the RDF showing my current way of representing this species concept:</div><div><a href="http://species.geospecies.org/specs/Ochlerotatus_triseriatus.rdf">http://species.geospecies.org/specs/Ochlerotatus_triseriatus.rdf</a><br>
</div><div><br></div><div>(Safari will download the RDF, FireFox will display it)</div><div><br></div><div>I link to both of the uBio LSID&#39;s because I want to tie to the different information that is about the same species but linked via different LSIDs</div>
<div><br></div><div>Here is the species page <a href="http://species.geospecies.org/specs/Ochlerotatus_triseriatus">http://species.geospecies.org/specs/Ochlerotatus_triseriatus</a></div><div><br></div><div>Here is the URI for that concept:</div>
<div><br></div><div><a href="http://species.geospecies.org/spec_concept_uuid/84b8badd-b899-40ea-8f89-f39f3048c270/">http://species.geospecies.org/spec_concept_uuid/84b8badd-b899-40ea-8f89-f39f3048c270/</a><br></div><div><br>
</div><div>I don&#39;t think that I have all the answers, I just needed something that worked like twdg/uBio for the people in group 1.</div><div><br></div><div>The way I think about it is to first create a species concept and then point all the potential taxonomic hypotheses at it. These different hypotheses could</div>
<div>have different weights depending on current opinion. </div><div><br></div><div>Later you can shore up the species concept by combining morphological, genetic and population genetic data into a more robust, and hopefully more stable,</div>
<div>understanding of that species.</div><div><br></div><div>Just my two cents :-)</div><div><br></div><div>- Pete</div><div><br></div><div>P.S. I had some trouble finding the current ontology information. I now know that the DarwinCore ontology is on GoogleCode at:</div>
<div><a href="http://darwincore.googlecode.com/svn/trunk/index.htm">http://darwincore.googlecode.com/svn/trunk/index.htm</a></div><div><br></div><div>Where is the latest TDWG ontology? Is it here: <a href="http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/TAG/TDWGOntology">http://wiki.tdwg.org/twiki/bin/view/TAG/TDWGOntology</a></div>
<div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 27, 2009 at 8:46 AM, David Remsen <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:dremsen@mbl.edu">dremsen@mbl.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div style="word-wrap:break-word"><div>Kevin,   Can you tell me what the limitations are on being able to exchange taxonomic information with the DwC terms?  As far as I can tell, you can exchange fairly complex taxonomic information short of concept-to-concept relations and I find the DwC-with-extensions approach we are using to exchanging information tied to taxa (not instances of taxa) to be a nice and practical compromise between complexity and practicality.   My understanding is that the IPT can output TCS/RDF for those who want it.   I am personally very happy to see the DwC taxon terms added.  Finally I can provide format specifications that biologists can understand.</div>
<div><br></div><font color="#888888"><div>David Remsen</div><div><br></div><br></font><div><div><div></div><div class="h5"><div>On Apr 25, 2009, at 9:52 AM, Kevin Richards wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite">
<span style="border-collapse:separate;color:rgb(0, 0, 0);font-family:Helvetica;font-size:12px;font-style:normal;font-variant:normal;font-weight:normal;letter-spacing:normal;line-height:normal;text-align:auto;text-indent:0px;text-transform:none;white-space:normal;word-spacing:0px"><div>
<div><div></div><div class="h5"><div dir="ltr"><font face="Tahoma" color="#000000" size="2">I see the ontology as a model of ALL (hopefully, eventually all) the data in our domain of biodiversity informatics. </font></div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2">I would love to see it as a standard (at the least it might give it a bit more clout).</font></div><div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2">I agree that the ontology is useful to tie other TDWG schemas together, using it as a core/master model.  I would be happy to see it used for ALL tasks within TDWG, but I understand the usefulnes of the more specific schemas/standards - horses for courses.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2">If I understand Stan here, I agree with him about the dubious use of DwC for representing Taxon Concepts/Names.  As far as I know, it was really intended as a transfer standard for observation records??  It contains very limited taxon information!  It really is not a overly difficult job to use a more suitable schema/ontology.  I think the popularity of Darwin Core is due to its simplicity - and I wonder if what Roger is proposing will help with this - ie an XML implementation of the ontology as well as an RDF version.  This will allow people to create very simple XML documents with reasonably simple/flat data, eg an xml document of TaxonName entities, with perhaps 6 or 7 or so key fields - even simpler than DwC.   :-)</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2">Kevin</font></div><div dir="ltr"><font face="Tahoma" size="2"></font> </div><div style="direction:ltr"><hr><font face="Tahoma" size="2"><b>From:</b><span> </span><a href="mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org</a><span> </span>[<a href="mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org</a>] On Behalf Of Blum, Stan [<a href="mailto:sblum@calacademy.org" target="_blank">sblum@calacademy.org</a>]<br>
<b>Sent:</b><span> </span>Saturday, 25 April 2009 6:12 a.m.<br><b>To:</b><span> </span>Technical Architecture Group mailing list;<span> </span><a href="mailto:exec@tdwg.org" target="_blank">exec@tdwg.org</a><br><b>Subject:</b><span> </span>Re: [tdwg-tag] darwin core terms inside tdwg ontology<br>
</font><br></div><div></div><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="Arial" color="#000000" size="2"><font face="Tahoma"><strong>From:</strong><span> </span><a href="mailto:tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag-bounces@lists.tdwg.org</a><span> </span>on behalf of John R. WIECZOREK<br>
<b>Sent:</b><span> </span>Fri 2009-04-24 8:58 AM<br><b>To:</b><span> </span>Roger Hyam<br><b>Cc:</b><span> </span>Technical Architecture Group mailing list<br><b>Subject:</b><span> </span>Re: [tdwg-tag] darwin core terms inside tdwg ontology<br>
<br></font></font></div><font face="Arial" color="#000000" size="2"><font face="Tahoma"></font><div dir="ltr"><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><font size="2">Anything I should do on the DwC side in anticipation of harmony?<br>
<br><a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#theterms" target="_blank">http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#theterms</a><br></font></div></div></font></div><div style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><font face="Arial" color="#000000" size="2">===========================================================</font></div>
<font face="Arial" color="#000000" size="2"><div dir="ltr">John,</div><div dir="ltr"> </div></font><div dir="ltr"><font face="Arial" color="#000000" size="2">At some point, all or (most) of the DarwinCore terms need to be added to the TDWG ontology.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">But having said that, I also need to say that I&#39;m uncomfortable with:</font></div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">1) The current state of the TDWG ontology (primarily the naming conventions; lets just use terms names), and our understanding of the role it plays in TDWG and how it will be managed (entry of terms, integration of terms into the conceptual [is-a / has-a] relationships to other terms); and</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">2) the fact that the new DarwinCore straddles or overlaps the roles of an ontology and an application schema.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">I understood the past TAG roadmaps to indicate that we were adopting an approach in which the TDWG Ontology would be a repository for data concepts that are present in (or implied by) TDWG standards; and that real data transmission would be accomplished with application schemas.  The ontology itself would not be a standard, but would be a tool that helps integrate standards.  I thought our standards would be created to function as application schemas or components of application schemas (as in the DwC and its extensions).  I am now pretty confused. <span> </span></font><font face="Arial" size="2">I&#39;d like to hear the rationale for combining taxonomic name/concept with organism occurrence.  I haven&#39;t gone over all the existing docs, so apologies if I&#39;ve missed that, but I think it&#39;s confusing that a (new) DarwinCore record could be either a taxonomic name or an organism occurrence, or maybe something else.  Maybe I&#39;m too attached to object orientation and just don&#39;t GET the semantic web, but it feels to me like we are stepping into squishy ground.</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">Also, I the the DCMI maintenance procedures are also more appropriately applied to the ontology than a TDWG standard.  The existing process for ratifying TDWG standards and the procedure in the DwC seem to be pretty explicitly in conflict; one can change the other cannot (without becoming another thing).</font></div>
<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">Is anyone else having these same trepidations?  I don&#39;t think I&#39;ve been as much of a Rip Van Winkle as Jim Croft, but I clearly missed some important shifts. </font></div>
<div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2">-Stan</font></div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div><div dir="ltr"><font face="Arial" size="2"></font> </div>
<div dir="ltr"> </div></div><br><hr><font face="Arial" color="Green" size="1">Please consider the environment before printing this email<br>Warning: This electronic message together with any attachments is confidential. If you receive it in error: (i) you must not read, use, disclose, copy or retain it; (ii) please contact the sender immediately by reply email and then delete the emails.<br>
The views expressed in this email may not be those of Landcare Research New Zealand Limited.<span> </span><a href="http://www.landcareresearch.co.nz" target="_blank">http://www.landcareresearch.co.nz</a><br></font></div></div>
<div class="im">_______________________________________________<br>tdwg-tag mailing list<br><a href="mailto:tdwg-tag@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-tag@lists.tdwg.org</a><br><a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-tag" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-tag</a><br>
</div></div></span></blockquote></div><br></div><br>_______________________________________________<br>
tdwg-tag mailing list<br>
<a href="mailto:tdwg-tag@lists.tdwg.org">tdwg-tag@lists.tdwg.org</a><br>
<a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-tag" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-tag</a><br>
<br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>---------------------------------------------------------------<br>Pete DeVries<br>Department of Entomology<br>University of Wisconsin - Madison<br>445 Russell Laboratories<br>
1630 Linden Drive<br>Madison, WI 53706<br>------------------------------------------------------------<br>
</div>