<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 3.2//EN">
<HTML>
<HEAD>

<META NAME="Generator" CONTENT="MS Exchange Server version 6.5.7233.69">
<TITLE>RE: [Tdwg-guid] resolving deleted records [ Scanned for viruses ]</TITLE>
</HEAD>
<BODY>
<DIV id=idOWAReplyText52422 dir=ltr>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial color=#000000 size=2>Nope. IF is a nomenclator and 
has no taxonomic opinions on the names included - except for those of the 
publishing author(s) (which I take as read) and an implied assignment to a 
parent family. Neither are we talking about replaced names in a nomenlatural 
sense - i.e. nomen nova and their replaced synonyms. We are both talking about 
names in the database which are for whatever reason not 'real' names in a 
nomenclatural sense - in that there is no evidence that they are associated with 
a 'normal' attempt to publish a nomenclatural novelty (this takes care of 
invalid names which strictly do not exist). For example, name which have crept 
in from a checklist which are herbarium names, or a sphalm (error) where a 
generic name is associated with a specific epithet from a related species name 
(e.g. Fagus papyrifera - a sphalm for either Betula papyrifera or an unknown 
species of Fagus). Under these circumstances IF currently provides a circular 
reference via an 'is ReplacedBy' - the other two types of 'isReplacedBy' 
currently in use in IF are deprecated records (duplicates - more common in IPNI 
as Sally indicates for historical reasons) and orthographic variants (there is 
only one correct form under the Code).</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>Hope this is clear - fire away if not ... 
;-)</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>Cheers,</FONT></DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2></FONT>&nbsp;</DIV>
<DIV dir=ltr><FONT face=Arial size=2>Paul</FONT></DIV></DIV>
<DIV dir=ltr><BR>
<HR tabIndex=-1>
<FONT face=Tahoma size=2><B>From:</B> Chuck Miller 
[mailto:Chuck.Miller@mobot.org]<BR><B>Sent:</B> Mon 02/10/2006 
16:12<BR><B>To:</B> S.Hinchcliffe@kew.org; Paul Kirk<BR><B>Cc:</B> 
tdwg-guid@mailman.nhm.ku.edu<BR><B>Subject:</B> RE: [Tdwg-guid] resolving 
deleted records [ Scanned for viruses ]<BR></FONT><BR></DIV>
<DIV>
<P><FONT size=2>Sally and Paul,<BR>Sounds like you two are talking about 
different things:<BR><BR>Paul is describing a taxonomic issue of replaced 
names.<BR>Sally is describing a database cleanup issue for duplicate 
database<BR>records of "replaced" name records.<BR><BR>Is that 
right?&nbsp;<BR><BR>Chuck<BR>-----Original Message-----<BR>From: 
tdwg-guid-bounces@mailman.nhm.ku.edu<BR>[<A 
href="mailto:tdwg-guid-bounces@mailman.nhm.ku.edu">mailto:tdwg-guid-bounces@mailman.nhm.ku.edu</A>] 
On Behalf Of Sally<BR>Hinchcliffe<BR>Sent: Monday, October 02, 2006 9:51 
AM<BR>To: Paul Kirk<BR>Cc: tdwg-guid@mailman.nhm.ku.edu<BR>Subject: Re: 
[Tdwg-guid] resolving deleted records [ Scanned for viruses<BR>]<BR><BR>Hi 
Paul<BR>Are you saying that if an IF record has 'isReplacedBy' and the id 
is<BR>the same as the id asked for then the record is deleted ?<BR><BR>We can do 
this, but it seems a little arcane to me compared to an<BR>explicit 'deleted' 
tag<BR><BR>Sally<BR><BR><BR>&gt; IF does has a circular isRepalcedBy for a small 
subset of names - e.g.<BR>&gt; those which have crept in from specimen labels, 
those where a generic<BR>&gt; names has been used (perhaps in print) with an 
epithet from a related<BR>&gt; genus.<BR>&gt;<BR>&gt; Paul<BR>&gt;<BR>&gt; 
-----Original Message-----<BR>&gt; From: 
tdwg-guid-bounces@mailman.nhm.ku.edu<BR>&gt; [<A 
href="mailto:tdwg-guid-bounces@mailman.nhm.ku.edu">mailto:tdwg-guid-bounces@mailman.nhm.ku.edu</A>] 
On Behalf Of Sally<BR>&gt; Hinchcliffe<BR>&gt; Sent: 02 October 2006 
15:30<BR>&gt; To: Roderic Page<BR>&gt; Cc: tdwg-guid@mailman.nhm.ku.edu<BR>&gt; 
Subject: Re: [Tdwg-guid] resolving deleted records [ Scanned 
for<BR>viruses<BR>&gt; ]<BR>&gt;<BR>&gt; Yes but some aren't replaced by 
anything, i.e. if a record was simply<BR>&gt; entered in error<BR>&gt;<BR>&gt; I 
could say isReplacedBy and then put a null ID in but that's a<BR>&gt; little 
subtle ...<BR>&gt;<BR>&gt; Sally<BR>&gt;<BR>&gt; &gt; Sally,<BR>&gt; 
&gt;<BR>&gt; &gt; Do you need anything more than dc:isReplacedBy? The presence 
of this<BR>&gt; in&nbsp;<BR>&gt; &gt; itself says the record has been 
suppressed/replaced.<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; Regards<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; 
Rod<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; On 2 Oct 2006, at 15:12, Sally Hinchcliffe 
wrote:<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Apologies for cross-posting but I'm trying 
to get a reasonably<BR>quick<BR>&gt; &gt; &gt; response&nbsp; ...<BR>&gt; &gt; 
&gt;<BR>&gt; &gt; &gt; I'm trying to finalise the IPNI LSID server as far as I 
can. One<BR>of<BR>&gt; &gt; &gt; the issues that was raised at the GUIDs 
workshop was how to handle<BR>&gt; &gt; &gt; deleted records. In IPNI we 
suppress records where they have been<BR>&gt; &gt; &gt; duplicated. There are a 
high number of duplicates in IPNI and as<BR>we<BR>&gt; &gt; &gt; start 
identifying true duplicates and linking them, the number of<BR>&gt; &gt; &gt; 
suppressed or deprecated records will rise and the chances of<BR>&gt; 
someone<BR>&gt; &gt; &gt; having an id which resolves to a now suppressed record 
will become<BR>&gt; &gt; &gt; quite high<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; 
What I'd like to do if someone asks for a suppressed record is to<BR>&gt; &gt; 
&gt; return metadata which just indicates the record is suppressed (or<BR>&gt; 
&gt; &gt; deleted) plus if relevant a pointer to the preferred record<BR>&gt; 
&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; For the latter we can use &lt;dc:isReplacedBy&gt; 
which I think is what<BR>IF<BR>&gt; &gt; &gt; are using<BR>&gt; &gt; 
&gt;<BR>&gt; &gt; &gt; For the former - I couldn't find any really obvious 
existing tag<BR>in<BR>&gt; &gt; &gt; use out there. What are other people using? 
Or do you have any<BR>&gt; &gt; &gt; suggestions or examples of deleted 
records?<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt; Sally<BR>&gt; &gt; &gt; *** Sally 
Hinchcliffe<BR>&gt; &gt; &gt; *** Computer section, Royal Botanic Gardens, 
Kew<BR>&gt; &gt; &gt; *** tel: +44 (0)20 8332 5708<BR>&gt; &gt; &gt; *** 
S.Hinchcliffe@rbgkew.org.uk<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; &gt; 
&gt; _______________________________________________<BR>&gt; &gt; &gt; TDWG-GUID 
mailing list<BR>&gt; &gt; &gt; TDWG-GUID@mailman.nhm.ku.edu<BR>&gt; &gt; &gt; <A 
href="http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid">http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid</A><BR>&gt; 
&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; &gt;<BR>&gt; 
&gt;<BR>&gt;<BR>------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt; 
&gt; ----------------------------------------<BR>&gt; &gt; Professor Roderic D. 
M. Page<BR>&gt; &gt; Editor, Systematic Biology<BR>&gt; &gt; DEEB, IBLS<BR>&gt; 
&gt; Graham Kerr Building<BR>&gt; &gt; University of Glasgow<BR>&gt; &gt; 
Glasgow G12 8QP<BR>&gt; &gt; United Kingdom<BR>&gt; &gt;<BR>&gt; &gt; 
Phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp; +44 141 330 4778<BR>&gt; &gt; 
Fax:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; +44 141 330 2792<BR>&gt; &gt; 
email:&nbsp;&nbsp;&nbsp; r.page@bio.gla.ac.uk<BR>&gt; &gt; 
web:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <A 
href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html</A><BR>&gt; 
&gt; iChat:&nbsp;&nbsp;&nbsp; aim://rodpage1962<BR>&gt; &gt; reprints: <A 
href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/pubs.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/pubs.html</A><BR>&gt; 
&gt;<BR>&gt; &gt; Subscribe to Systematic Biology through the Society of 
Systematic<BR>&gt; &gt; Biologists Website:&nbsp; <A 
href="http://systematicbiology.org">http://systematicbiology.org</A><BR>&gt; 
&gt; Search for taxon names:<BR><A 
href="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/portal/">http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/portal/</A><BR>&gt; 
&gt; Find out what we know about a species: <A 
href="http://ispecies.org">http://ispecies.org</A><BR>&gt; &gt; Rod's rants on 
phyloinformatics: <A 
href="http://iphylo.blogspot.com">http://iphylo.blogspot.com</A><BR>&gt; &gt; 
Rod's rants on ants: <A 
href="http://semant.blogspot.com">http://semant.blogspot.com</A><BR>&gt; 
&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; *** Sally Hinchcliffe<BR>&gt; *** Computer section, Royal 
Botanic Gardens, Kew<BR>&gt; *** tel: +44 (0)20 8332 5708<BR>&gt; *** 
S.Hinchcliffe@rbgkew.org.uk<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt; 
_______________________________________________<BR>&gt; TDWG-GUID mailing 
list<BR>&gt; TDWG-GUID@mailman.nhm.ku.edu<BR>&gt; <A 
href="http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid">http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid</A><BR><BR>*** 
Sally Hinchcliffe<BR>*** Computer section, Royal Botanic Gardens, Kew<BR>*** 
tel: +44 (0)20 8332 5708<BR>*** 
S.Hinchcliffe@rbgkew.org.uk<BR><BR><BR>_______________________________________________<BR>TDWG-GUID 
mailing list<BR>TDWG-GUID@mailman.nhm.ku.edu<BR><A 
href="http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid">http://mailman.nhm.ku.edu/mailman/listinfo/tdwg-guid</A><BR></FONT></P></DIV>

</BODY>
</HTML>