<br><br><div><span class="gmail_quote">On 2/13/06, <b class="gmail_sendername">Bob Morris</b> &lt;<a href="mailto:morris.bob@gmail.com">morris.bob@gmail.com</a>&gt; wrote:</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
OK. I understand. Now I need to know on which Wiki people are developing discussion of the requirments and availability of RDF tools. I'm aware only of ontology development tools and machine reasoning tools, and I need to educate myself about where are the tools and frameworks for building applications and, since the enterprise at hand is database intensive, for databinding, and for examples of systems built with those tools.
</blockquote><div><br><br>Thanks<br>Bob<br>&nbsp;<br></div><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><span class="e" id="q_10963c1c3615cb89_1">
<div><span class="gmail_quote">On 2/13/06, <b class="gmail_sendername">Donald Hobern</b> &lt;<a href="mailto:dhobern@gbif.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">dhobern@gbif.org</a>&gt; wrote:
</span><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


















<div>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">Bob,</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">&nbsp;</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">I'm sorry that the conclusions of
the meeting still seem so unclear.&nbsp; I'll try to summarise a few
points of importance.&nbsp; Please come back with your thoughts/exasperation on
any or all of these.</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">&nbsp;</span></font></p>

<ol style="margin-top: 0cm;" start="1" type="1">
 <li style="color: navy;"><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">The
     general conclusion of the meeting was that an RDF-based model was
     desirable for content as well as description (recognising that in most of
     our existing standards the distinction is blurred). &nbsp;However we
     expect to use the next few months to clarify what will work for our needs
     and I can still foresee several possible variant solutions if we are not
     satisfied with a full RDF-based approach (e.g. RDF Dublin Core for
     metadata and tighter formalization of how we provide the rest of the
     information as data, including use of versions; or, metadata containing a
     URL to retrieve our content data from a DiGIR/BioCASe/TAPIR provider etc.;
     or, working with IBM to introduce a modification to the LSID
     specification; etc.).</span></font> <font face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"></span></font></li>
 <li style="color: navy;"><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">We
     recognised that a recast of TDWG standards into an RDF-based
     representation was not trivial, but a change at least somewhat like this
     (from large document-based models to reusable data objects) is in any case
     needed for many other reasons (better re-use, less churn from versioning;
     simpler extensibility, etc.).</span></font> <font face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"></span></font></li>
 <li style="color: navy;"><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">The
     GUID workshop is not a totally isolated activity.&nbsp; The new TDWG
     Architecture Group (TAG) will be meeting separately to consider how to
     standardise our data modeling and integrate better with other standards
     (such as WFS and RDF).&nbsp; It would be a major step forward for us to
     model our standards in a framework that makes our OO-model explicit
     (rather than relying on unstated implications of structure) and where it
     is also easy for us to extend it with additional concepts/properties as
     required. &nbsp;I hope that we can agree our actual approach through the
     TAG discussions.&nbsp; &lt;personalAside&gt;For what it's worth, my
     own vision up to now had been for something like UML modeling followed by
     simultaneous generation of OWL-Lite and XML Schema definitions for each data
     class (the XML Schema representation being regarded as a convenience tool
     for generating a document that – I hope – would perfectly
     correspond to the more semantically clear OWL-Lite document). &nbsp;The
     advantage of leap-frogging RDF to some form of OWL is that we could have
     the semantic foundation to our models but still retain something that has
     a familiar structure.&lt;/personalAside&gt;</span></font> <font face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"></span></font></li>
 <li style="color: navy;"><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;">It
     is important to note that the suggested prototype activities are prefixed,
     &quot;The <i><span style="font-style: italic;">potential</span></i>
     prototypes…&quot;. &nbsp;Right now I would expect several of these
     only to test out the assignment of LSIDs to data objects and their use for
     retrieving the objects independently of full LSID resolution or RDF
     mapping. &nbsp;I believe that the first real LSID-resolver test is likely
     to be with Darwin Core (which is just about RDF-ready immediately).
     &nbsp;We want to use the next few months to play around with LSIDs in
     whatever areas we can. &nbsp;Part of the purpose is to allow us to
     understand what software we need to develop before trying it on a larger
     scale. &nbsp;It will be part of my job to find ways to get such software
     developed.</span></font> <font face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"></span></font></li>
</ol>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">&nbsp;</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">By the way, the GUID wiki is open for
comments. &nbsp;You can add pages to the wiki, or use the comments link at the
bottom of the page (these are WikkaWakka comments that are shown like a set of
footnotes). &nbsp;As an alternative I have added a new page for comments on
this report:</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">&nbsp;</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;"><a href="http://wiki.gbif.org/guidwiki/wikka.php?wakka=GUID1ReportComments" title="http://wiki.gbif.org/guidwiki/wikka.php?wakka=GUID1ReportComments" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">

http://wiki.gbif.org/guidwiki/wikka.php?wakka=GUID1ReportComments</a></span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">&nbsp;</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">Thanks as ever for your input,</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">&nbsp;</span></font></p>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">Donald</span></font></p>

<div>

<p><font color="navy" face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial; color: navy;">&nbsp;<br>
---------------------------------------------------------------<br>
Donald Hobern (<a href="mailto:dhobern@gbif.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">dhobern@gbif.org</a>)<br>
Programme Officer for Data Access and Database Interoperability <br>
Global Biodiversity Information Facility Secretariat <br>
Universitetsparken 15, DK-2100 Copenhagen, Denmark<br>
Tel: +45-35321483&nbsp;&nbsp; Mobile: +45-28751483&nbsp;&nbsp; Fax:
+45-35321480<br>
---------------------------------------------------------------</span></font><font face="Arial" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Arial;"></span></font></p>

</div>

<div>

<div style="text-align: center;" align="center"><font face="Times New Roman" size="3"><span style="font-size: 12pt;">

<hr align="center" size="2" width="100%">

</span></font></div>

<p><b><font face="Tahoma" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma; font-weight: bold;">From:</span></font></b><font face="Tahoma" size="2"><span style="font-size: 10pt; font-family: Tahoma;"> Taxonomic Databases Working Group GUID Project
[mailto:<a href="mailto:TDWG-GUID@LISTSERV.NHM.KU.EDU" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">TDWG-GUID@LISTSERV.NHM.KU.EDU</a>] <b><span style="font-weight: bold;">On
Behalf Of </span></b>Bob Morris<br>
<b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> 13 February 2006 05:09<br>
<b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> <a href="mailto:TDWG-GUID@LISTSERV.NHM.KU.EDU" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">TDWG-GUID@LISTSERV.NHM.KU.EDU</a><br>
<b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: Thoughts</span></font></p>

</div><div><span>

<p><font face="Times New Roman" size="3"><span style="font-size: 12pt;">&nbsp;</span></font></p>

<p><font face="Times New Roman" size="3"><span style="font-size: 12pt;">I'm quite confused
from the meeting reports whether there was some argument accepted that LSID
metadata in RDF should represent the \content/ of the current concerns of TDWG,
including TCS, DC, ABCD, SDD, and the impending new groups, or merely \describe/
the databases against which answers are rendered in those content standards.
For example, if a taxon concept is given an LSID, is the metadata returned
expected to be a replacement for the current XML constrained by TCS? &nbsp;RDF
certainly can encode a taxon concept and address the relations it encodes, but
I'm unaware of applications of LSID metadata of objects in a database where the
datum is encoded, though in many cases RDF could rationally make a claim to do
so. I agree with Sally:Where's the robust, widely accepted killer app? </span></font></p>

<p style="margin-bottom: 12pt;"><font face="Times New Roman" size="3"><span style="font-size: 12pt;">I hate long email posts,
and the present rules of the GUID wiki don't yet permit comment, so I have
posted something on the SDD Wiki. I'll move it when the GUID wiki is open. <a href="http://wiki.cs.umb.edu/twiki/bin/view/SDD/RDFConsideredHarmful" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://wiki.cs.umb.edu/twiki/bin/view/SDD/RDFConsideredHarmful
</a><br>
<br>
Depending on the resolutiuon to my cofusion expressed in the first paragraph, I
am somewhere been vigorously opposed and neutral on RDF, for reasons in the
above linked RDFConsideredHarmful. <br>
<br>
I'm also amazed that a whole crew of volunteers seem to be persuaded (or
appointed) to drop everything they are doing and take on what may or may not be
a substantial piece of software engineering to in the next three months. Either
there were a lot of persuasive arguments that I couldn't see in what I've been
through so far in the report, or somewhere there is sitting an LSID resolver
package that just needs a little configuration. mod_LSID??? I guess I'll learn
which from Greg Riccardi. I sure hope it's the latter. <br>
<br>
Bob</span></font></p>

<div>

<p><span><font face="Times New Roman" size="3"><span style="font-size: 12pt;">On 2/12/06, <b><span style="font-weight: bold;">Roderic
Page</span></b> &lt;<a href="mailto:r.page@bio.gla.ac.uk" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">r.page@bio.gla.ac.uk</a>&gt;
wrote:</span></font></span></p>

<p><font face="Times New Roman" size="3"><span style="font-size: 12pt;">For my take on McCool's articles see<br>
<a href="http://iphylo.blogspot.com/2006/02/rob-mccool-on-rethinking-semantic-" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://iphylo.blogspot.com/2006/02/rob-mccool-on-rethinking-semantic-
</a><br>
web.html<br>
<br>
<br>
Regards <br>
<br>
Rod<br>
<br>
On 11 Feb 2006, at 20:44, Bob Morris
wrote:<br>
<br>
&gt;<br>
&gt; Rethinking the semantic Web. Part I<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;McCool, R.;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;Internet Computing, IEEE<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;Volume 9, Issue 6, Nov.-Dec. 2005 Page(s):88, 86&nbsp;&nbsp;-
87 <br>
&gt; Abstract:<br>
&gt;<br>
&gt;&nbsp;&nbsp;The semantic Web is a compelling vision, in which the World
Wide Web<br>
&gt; will include a notion of meaning in data and services. Intelligent<br>
&gt; agents will exchange information and rules for how to interact with <br>
&gt; that information, with or without human intervention; appointments<br>
&gt; will be automatically scheduled; and automated agents will select and<br>
&gt; invoke services. Information will be easy to find without depending <br>
&gt; solely on keywords. In part one of this column, the author propose<br>
&gt; several reasons that this vision hasn't yet been adopted despite<br>
&gt; substantial research funding in the US and European Union (EU). These <br>
&gt; reasons will provide the foundation for a new approach, which propose<br>
&gt; in part two.<br>
&gt;<br>
&gt; McCool is one of the architects of a number of RDF and RDF related<br>
&gt; systems. This doesn't bear very much on LSID vs. something else, but <br>
&gt; it does argue that RDF is burdened by its weight and hasn't achieved<br>
&gt; certain of its aims. A question arises about whether this has<br>
&gt; implications for other applications that have ontological overtones, <br>
&gt; including many of TDWGs.<br>
&gt;<br>
&gt; The second columm is in the January issue of the same journal.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On 2/10/06, Sally Hinchcliffe &lt; <a href="mailto:S.Hinchcliffe@kew.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">S.Hinchcliffe@kew.org</a>&gt;
wrote:Hi Rod,<br>
&gt;&gt; Your comment facility is down or I would have added this to the blog<br>
&gt;&gt; ...<br>
&gt;&gt; I think that most of the talk re serving XML from LSIDs was by way of <br>
&gt;&gt; an upgrade path rather than as a final goal. As you say (rightly or<br>
&gt;&gt; wrongly) the community has put a lot of effort into XML schemas and<br>
&gt;&gt; it worried me (and others) that tying LSIDs to RDF might mean that <br>
&gt;&gt; the LSID baby got thrown out with the RDF bathwater as the community<br>
&gt;&gt; rejected it wholesale. But I was persuaded this wouldn't happen and<br>
&gt;&gt; now I face some scepticism here at Kew
about the benefits of RDF so a <br>
&gt;&gt; killer app would be good...<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; On the meeting itself, yes it was frustrating (and interesting and<br>
&gt;&gt; useful as well) and it struck me on my return that we might have got<br>
&gt;&gt; further had we had some professional (and neutral) facilitators - not <br>
&gt;&gt; to say that the chairs didn't do a good job getting us all to a<br>
&gt;&gt; decision in the end, but that we are all (me included) so parti pris<br>
&gt;&gt; and bound up in the subject that herding cats didn't even come close <br>
&gt;&gt; ... For the next meeting the decisions will be harder and more<br>
&gt;&gt; concrete and there will be a lot to decide. It might help having<br>
&gt;&gt; people who know how to facilitate useful debate and close off some of <br>
&gt;&gt; the blind alleys and circular pathways we have a tendency to wander<br>
&gt;&gt; into<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;Sally<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; &gt; For those at the workshop, it was great to meet you and to
discuss <br>
&gt;&gt; &gt; GUIDs. I've posted a personal view on proceedings on one of my<br>
&gt;&gt; blogs:<br>
&gt;&gt; &gt; <a href="http://iphylo.blogspot.com/2006/02/globally-unique-identifiers.html" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://iphylo.blogspot.com/2006/02/globally-unique-identifiers.html
</a><br>
&gt;&gt; .<br>
&gt;&gt; &gt; Comments are welcome.<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Regards<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Rod<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; ----------------------------------------------------------------------
<br>
&gt;&gt; --<br>
&gt;&gt; &gt; ----------------------------------------<br>
&gt;&gt; &gt; Professor Roderic D. M. Page<br>
&gt;&gt; &gt; Editor, Systematic Biology<br>
&gt;&gt; &gt; DEEB, IBLS<br>
&gt;&gt; &gt; Graham Kerr Building
<br>
&gt;&gt; &gt; University
 of Glasgow<br>
&gt;&gt; &gt; Glasgow
G12 8QP<br>
&gt;&gt; &gt; United Kingdom<br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Phone:+44 141 330 4778<br>
&gt;&gt; &gt; Fax:+44 141 330 2792<br>
&gt;&gt; &gt; email: <a href="mailto:r.page@bio.gla.ac.uk" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">r.page@bio.gla.ac.uk</a><br>
&gt;&gt; &gt; web: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html</a><br>
&gt;&gt; &gt; reprints: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/pubs.html" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/pubs.html</a><br>
&gt;&gt; &gt;<br>
&gt;&gt; &gt; Subscribe to Systematic Biology through the Society of Systematic<br>
&gt;&gt; &gt; Biologists Website:<a href="http://systematicbiology.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">
http://systematicbiology.org</a><br>
&gt;&gt; &gt; Search for taxon names at<br>
&gt;&gt; <a href="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7Erpage/portal/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/portal/</a><br>
&gt;&gt; &gt; Find out what we know about a species at <a href="http://ispecies.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://ispecies.org</a><br>
&gt;&gt;<br>
&gt;&gt; *** Sally Hinchcliffe<br>
&gt;&gt; *** Computer section, Royal Botanic Gardens, Kew<br>
&gt;&gt; *** tel: +44 (0)20 8332 5708<br>
&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;*** <a href="mailto:S.Hinchcliffe@rbgkew.org.uk" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">S.Hinchcliffe@rbgkew.org.uk</a><br>
&gt;&gt;<br>
------------------------------------------------------------------------<br>
----------------------------------------<br>
Professor Roderic D. M. Page<br>
Editor, Systematic Biology <br>
DEEB, IBLS<br>
Graham Kerr Building<br>
University of Glasgow<br>
Glasgow G12 8QP<br>
United Kingdom<br>
<br>
Phone:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;+44 141 330 4778<br>
Fax:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;+44 141 330 2792<br>
email:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:r.page@bio.gla.ac.uk" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">r.page@bio.gla.ac.uk
</a><br>
web:&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html</a><br>
reprints: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/pubs.html" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/pubs.html
</a><br>
<br>
Subscribe to Systematic Biology through the Society of Systematic<br>
Biologists Website:&nbsp;&nbsp;<a href="http://systematicbiology.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://systematicbiology.org</a><br>
Search for taxon names at <a href="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7Erpage/portal/" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/portal/</a><br>
Find out what we know about a species at <a href="http://ispecies.org" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://ispecies.org</a><br>
<br>
<br>
<br>
<br>
___________________________________________________________ <br>
To help you stay safe and secure online, we've developed the all new Yahoo!
Security Centre. <a href="http://uk.security.yahoo.com" target="_blank" onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)">http://uk.security.yahoo.com</a></span></font></p>

</div>

<p><font face="Times New Roman" size="3"><span style="font-size: 12pt;">&nbsp;</span></font></p>

</span></div></div>





</blockquote></div><br>
</span></div></blockquote></div><br>