<div dir="ltr">All name strings from uBio are in GNI and they do have UUIDs v5 generated from them as it is described in this blog post - <a href="http://globalnames.org/news/2015/05/31/gn-uuid-0-5-0">http://globalnames.org/news/2015/05/31/gn-uuid-0-5-0</a>. And we do have uBio IDs associated with these UUIDs via GNI.<div><br></div><div><br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 16, 2015 at 3:25 PM, Richard Pyle <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:deepreef@bishopmuseum.org" target="_blank">deepreef@bishopmuseum.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div bgcolor="white" lang="EN-US" link="blue" vlink="purple"><div><span class=""><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">&gt; It&#39;s somewhat clear what uBio identifiers refer to: names vs. <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">&gt; something more nebulous involving taxa or ... something.  <u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">&gt; (Not trying to push your button, Rich Pyle).<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p></span><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">:-)<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Actually, saying that uBio identifiers refer to “names” is a bit like saying uBio identifiers refer to “stuff” (which is only slightly more ambiguous than “names”).  I think what you mean (a bit more explicitly) is that uBio identifiers refer to “name-strings”, wherein each unique literal UTF-8-encoded string of characters purported to represent a scientific name receives an integer as an identifier.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">GNI also assigns unique identifiers to such name-strings, but the difference is that the GNI identifier is a hash of the string itself.  Thus, given a string, you can algorithmically derive the GNI identifier for it.  There is no way to algorithmically convert the uBio name-strings into their corresponding integer uBio identifiers.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">I have a question, and a suggestion.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Question: Are new uBio integer identifiers ever going to be minted?  Or do we just want to maintain them for legacy purposes?<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Suggestion: Regardless of the answer to the question, I suggest that Dima generate an index for uBio integer identifiers and the corresponding hash uuid used by GNI.  I will import these into BioGUID.org, so going forward we will always have an index to translate the uBio integers into the GN hashed UUIDs.  From there, it would be a simple step to allow GN services to process uBio identifiers natively, and do all the cool things that Steve (and others) would like uBio/GN to do.<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Aloha,<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Rich<u></u><u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p><div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt"><div><div style="border:none;border-top:solid #b5c4df 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in"><p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext"> <a href="mailto:tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org</a> [mailto:<a href="mailto:tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org</a>] <b>On Behalf Of </b>Steve Baskauf<br><b>Sent:</b> Friday, October 16, 2015 3:09 AM<br><b>To:</b> Dmitry Mozzherin<br><b>Cc:</b> Chuck Miller; <a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank">tdwg-content@lists.tdwg.org</a>; Jonathan A Rees; Shorthouse, David<span class=""><br><b>Subject:</b> Re: [tdwg-content] status of uBio<u></u><u></u></span></span></p></div></div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p><p class="MsoNormal">Thanks all for the information and comments about the status of uBio.  I&#39;m glad to hear that the server will probably come back up.  If not, then I hope the data will be made available to those who said they would be willing to host it.</p><div><div class="h5"><br><br>I have been interested in using the uBio identifiers for several reasons:<br>1. They have managed to stick around for a long time and are stable in their format (as LSIDs and HTTP proxied LSIDs).<br>2. The coverage of names is really good for plants, animals, different geographic locations, etc.  I also use ITIS identifiers but it&#39;s fairly common for me to not be able to find one for the name I need, which almost never happens with uBio.<br>3. It&#39;s somewhat clear what uBio identifiers refer to: names vs. something more nebulous involving taxa or ... something.  (Not trying to push your button, Rich Pyle).  <br>4. You can actually get RDF associated with the LSID version of the uBio identifiers.  I was wanting to download some to play with in our new triplestore (<a href="http://rdf.library.vanderbilt.edu" target="_blank">http://rdf.library.vanderbilt.edu</a>) when I discovered that the server was down.  The RDF is somewhat ad hoc, but hey, it&#39;s there.<br><br>There isn&#39;t really any other source that has all of these characteristics.  So please keep uBio going indefinitely, if at all possible.  <br>Steve<br><br>Dmitry Mozzherin wrote: <u></u><u></u></div></div><p></p><div><div class="h5"><div><p class="MsoNormal">I had been administering uBio for the last year, but now I am moving from MBL. uBio machine is in a bad shape, and it crashes after a few hours of work. My plan is to create Docker containers for database, code and data, which should make whole system much more stable, and much more manageable. Good news I will definitely try my best to do it, the bad news I am spread thinner than usual with move, transferring hardware and grant, GN things, EOL things, and figuring out what to do with the house etc. uBio &#39;code&#39; part is about 35 Gb, which makes the task more complicated, but I am quite optimistic that I will be able to make containers and put them either on an  MBL machine, run it from University of Illinois, or give it to Naturalis -- depending on what will make more sense for Dave Remsen, MBL and all interested in the project.<u></u><u></u></p></div><div><p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p></div><p class="MsoNormal"><br><br><u></u><u></u></p><pre>-- <u></u><u></u></pre><pre>Steven J. Baskauf, Ph.D., Senior Lecturer<u></u><u></u></pre><pre>Vanderbilt University Dept. of Biological Sciences<u></u><u></u></pre><pre><u></u> <u></u></pre><pre>postal mail address:<u></u><u></u></pre><pre>PMB 351634<u></u><u></u></pre><pre>Nashville, TN  37235-1634,  U.S.A.<u></u><u></u></pre><pre><u></u> <u></u></pre><pre>delivery address:<u></u><u></u></pre><pre>2125 Stevenson Center<u></u><u></u></pre><pre>1161 21st Ave., S.<u></u><u></u></pre><pre>Nashville, TN 37235<u></u><u></u></pre><pre><u></u> <u></u></pre><pre>office: 2128 Stevenson Center<u></u><u></u></pre><pre>phone: <a href="tel:%28615%29%20343-4582" value="+16153434582" target="_blank">(615) 343-4582</a>,  fax: <a href="tel:%28615%29%20322-4942" value="+16153224942" target="_blank">(615) 322-4942</a><u></u><u></u></pre><pre>If you fax, please phone or email so that I will know to look for it.<u></u><u></u></pre><pre><a href="http://bioimages.vanderbilt.edu" target="_blank">http://bioimages.vanderbilt.edu</a><u></u><u></u></pre><pre><a href="http://vanderbilt.edu/trees" target="_blank">http://vanderbilt.edu/trees</a><u></u><u></u></pre><pre><u></u> <u></u></pre></div></div></div></div></div></blockquote></div><br></div>