<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta http-equiv=Content-Type content="text/html; charset=utf-8"><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-family:"Calibri","sans-serif";}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Thanks, Bob. Of course, Identifiers &gt; URIs.  URIs fail my own Opacity Axiom, in that most of them start with “http://”, which temps people into inferring that they can be dereferenced via the HTTP protocol.<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Aloha,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Rich<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>(confessed mental self-fornicator)<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Bob Morris [mailto:morris.bob@gmail.com] <br><b>Sent:</b> Wednesday, September 17, 2014 10:20 AM<br><b>To:</b> Richard Pyle<br><b>Cc:</b> joel sachs; tdwg-content@lists.tdwg.org<br><b>Subject:</b> Re: [tdwg-content] Comments on Darwin Core Issue 205 (the proposed Organism term)<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Rich-&nbsp; You might peruse<br><br><a href="http://www.w3.org/DesignIssues/Axioms.html#opaque">http://www.w3.org/DesignIssues/Axioms.html#opaque</a><o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>In truth, I don't know whether Sir Tim has changed his view, but I'll be surprised and disappointed if so.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>I support removal of the OBI reference. I support an opaque reference. <o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><p class=MsoNormal>Bob<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><p class=MsoNormal>On Wed, Sep 17, 2014 at 2:06 PM, Richard Pyle &lt;<a href="mailto:deepreef@bishopmuseum.org" target="_blank">deepreef@bishopmuseum.org</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p><p class=MsoNormal>Hi Joel,<br><br>As I fellow submitter and strong supporter of the Organism class for DwC, I,<br>like you, have been uneasy with the cross-reference to OBI:0100026 in the<br>definition.&nbsp; It may be appropriate to include this in some sort of<br>qualifying remarks about the class, but it doesn't seem to be appropriate to<br>include the reference in the definition.&nbsp; Even though it is somewhat<br>softened by the phrase &quot;in the sense&quot; (as opposed to some sort of &quot;same as&quot;<br>assertion), I would support the removal of the sentence &quot;An organism in the<br>sense used here is defined as OBI:0100026<br>(<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0100026)" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0100026)</a>.&quot; from the definition of<br>dwc:Organism.<br><br>I still believe that a human-friendly name is very helpful.&nbsp; The barrier is<br>not the standard or how it's named.&nbsp; The barrier is how humans interpret and<br>implement the standard.&nbsp; Giving the class an opaque identifier (I would, of<br>course, vote in favor of a UUID!) would probably create a barrier to<br>progress through opacity that is greater than the barrier of confusion<br>through mis-interpretation of an imperfect human-friendly name like<br>&quot;Organism&quot;.<br><br>Of course, you didn't even indicate the term that we have been using for<br>years, and which I prefer, which is &quot;IndividualOrganism&quot;.&nbsp; However, in the<br>interest of progress, I strongly oppose re-opening the &quot;name&quot; can of worms.<br>DwC is riddled with mis-applied names of things, and we can still manage to<br>muddle our way through it (provided the definitions are clear).&nbsp; For<br>example, the term &quot;Occurrence&quot; has been used to represent &quot;things&quot; that<br>range from actual occurrence instances (e.g., observations of organisms at a<br>place and time), to individual organisms (e.g. specimens as a proxy to the<br>occurrence of an organism at the time it was extracted from nature), to<br>evidence (e.g. photographs of organisms), to occurrence-evidence instances<br>(photographs of organism in nature).&nbsp; Yet we still manage to exchange data<br>(perhaps less efficiently than we could).<br><br>Anyway, I support the removal of the OBI reference in the definition of<br>&quot;Occurrence&quot;, and I oppose re-visiting the issue of the label we apply to<br>the proposed new dwc class.<br><br>Aloha,<br>Rich<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><br><br>&gt; -----Original Message-----<br>&gt; From: <a href="mailto:tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org">tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org</a> [mailto:<a href="mailto:tdwg-content-">tdwg-content-</a><br>&gt; <a href="mailto:bounces@lists.tdwg.org">bounces@lists.tdwg.org</a>] On Behalf Of joel sachs<br>&gt; Sent: Wednesday, September 17, 2014 9:34 AM<br>&gt; To: <a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>&gt; Subject: [tdwg-content] Comments on Darwin Core Issue 205 (the proposed<br>&gt; Organism term)<br>&gt;<br>&gt; Everyone,<br>&gt;<br>&gt; I'd like to comment on the proposed addition to Darwin Core of an<br>&quot;organism&quot;<br>&gt; class (<a href="https://code.google.com/p/darwincore/issues/detail?id=205" target="_blank">https://code.google.com/p/darwincore/issues/detail?id=205</a>). I am<br>one of<br>&gt; the submitters of this proposal, but I have some<br>&gt; reservations/suggestions/questions about both the definition and the name.<br>&gt; Taking them in turn:<br>&gt;<br>&gt; The Definition<br>&gt; The proposed definition is:<br>&gt; &quot;A particular organism or defined group of organisms considered to be<br>&gt; taxonomically homogeneous.&nbsp; An organism in the sense used here is defined<br>as<br>&gt; OBI:0100026 (<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0100026" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0100026</a>).&nbsp; Instances of<br>the<br>&gt; Organism class are intended to facilitate linking of one or more<br>Identification<br>&gt; instances to one or more Occurrence instances.&nbsp; Therefore, things that are<br>&gt; typically assigned scientific names (such as viruses, hybrids, and<br>lichens) and<br>&gt; aggregates whose occurrences are typically recorded (such as packs,<br>clones,<br>&gt; and colonies) are included in the scope of this class.&quot;<br>&gt;<br>&gt; There are a few things to note here:<br>&gt; i. The definition of OBI:0100026 is &quot;A material entity that is an<br>individual living<br>&gt; system, such as animal, plant, bacteria or virus, that is capable of<br>replicating or<br>&gt; reproducing, growth and maintenance in the right environment. An organism<br>&gt; may be unicellular or made up, like humans, of many billions of cells<br>divided<br>&gt; into specialized tissues and organs.&quot; This definition is not internally<br>consistent,<br>&gt; since it delineates organisms as being either unicellular or<br>multi-cellular, while<br>&gt; at the same time explicitly including viruses, which are acellular.<br>&gt;<br>&gt; ii. The reference to OBI:0100026 does not add clarity to the DwC<br>definition,<br>&gt; since the DwC definition goes on to include the clarifying aspects of the<br>OBI<br>&gt; definition (viruses and lichens are organsims), while leaving out the<br>muddying<br>&gt; aspects of the OBI definition (organisms are unicellular or<br>multicellular). The<br>&gt; DwC definition also extends the the OBI defintion (to include wolf packs).<br>&gt;<br>&gt; iii. The rdf definition of OBI:organism inherits axioms from the Basic<br>Formal<br>&gt; Ontology (BFO). I've long argued that it's a mistake for TDWG to commit to<br>any<br>&gt; particular upper ontology, as there is no consensus upper ontology. (Some<br>&gt; scientific communities use Dolce, some use SUMO, and many have<br>deliberately<br>&gt; chosen to use none at all.) In general, I like the notion of Darwin Core<br>as a<br>&gt; glossary of terms, on top of which various data models can be built. When<br>we<br>&gt; import terms that carry with them an abundance of ontological commitment,<br>it<br>&gt; raises the stakes for those who choose to use TDWG vocabularies. (In<br>contrast,<br>&gt; when Darwin Core imported &quot;Location&quot;<br>&gt; from Dublin Core, it did so at no cost, since Dublin Core is not tied to<br>any<br>&gt; particular upper world-view.)<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; The Name<br>&gt; There have been multiple debates about a good name for this class, and<br>there<br>&gt; was never consensus. (In addition to &quot;Organism&quot;, candidates included<br>&gt; &quot;Individual&quot;, &quot;OrganismalIndividual&quot;, &quot;TaxonIndividualOrGroup&quot;,<br>&gt; &quot;OrganismOrTaxonomicallyHomogenousGroupOfOrganisms&quot;,<br>&gt; &quot;OccurringThing&quot;.) I agree that we're unlikely to agree on a consensus<br>name,<br>&gt; but I question why we need a name at all. Although TDWG has traditionally<br>&gt; used transparent identifiers for terms, this has been by convention, and<br>is not a<br>&gt; requirement. Is it time to test the &quot;opaque identifier&quot; waters? Are there<br>&gt; potential problems with having a mix of transparent and opaque identifiers<br>in<br>&gt; our vocabularies? If not, could we call this class dwc:12345? Should we?<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; Thoughts on any of the above?<br>&gt;<br>&gt; Many thanks,<br>&gt; Joel.<br>&gt;<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; tdwg-content mailing list<br>&gt; <a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>&gt; <a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</a><br><br>_______________________________________________<br>tdwg-content mailing list<br><a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br><a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</a><o:p></o:p></p></div></div></div><p class=MsoNormal><br><br clear=all><br>-- <br>Robert A. Morris<br><br>Emeritus Professor &nbsp;of Computer Science<br>UMASS-Boston<br>100 Morrissey Blvd<br>Boston, MA 02125-3390<br><br><br>Filtered Push Project<br>Harvard University Herbaria<br>Harvard University<br><br>email: <a href="mailto:morris.bob@gmail.com" target="_blank">morris.bob@gmail.com</a><br>web: <a href="http://efg.cs.umb.edu/" target="_blank">http://efg.cs.umb.edu/</a><br>web: <a href="http://wiki.filteredpush.org" target="_blank">http://wiki.filteredpush.org</a><br><a href="http://www.cs.umb.edu/~ram" target="_blank">http://www.cs.umb.edu/~ram</a><br>===<br>The content of this communication is made entirely on my<br>own behalf and in no way should be deemed to express<br>official positions of The University of Massachusetts at Boston or Harvard University. <o:p></o:p></p></div></div></div></body></html>