<META HTTP-EQUIV="Content-Type" CONTENT="text/html; charset=iso-8859-1">
<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40"><head><meta name=Generator content="Microsoft Word 14 (filtered medium)"><style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Helvetica;
        panose-1:2 11 6 4 2 2 2 2 2 4;}
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
@font-face
        {font-family:Consolas;
        panose-1:2 11 6 9 2 2 4 3 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        mso-margin-top-alt:auto;
        margin-right:0in;
        mso-margin-bottom-alt:auto;
        margin-left:0in;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
pre
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:10.0pt;
        font-family:"Courier New";}
p.MsoAcetate, li.MsoAcetate, div.MsoAcetate
        {mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text Char";
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:8.0pt;
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
span.apple-converted-space
        {mso-style-name:apple-converted-space;}
span.HTMLPreformattedChar
        {mso-style-name:"HTML Preformatted Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"HTML Preformatted";
        font-family:Consolas;}
span.EmailStyle21
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
span.BalloonTextChar
        {mso-style-name:"Balloon Text Char";
        mso-style-priority:99;
        mso-style-link:"Balloon Text";
        font-family:"Tahoma","sans-serif";}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]--></head><body lang=EN-US link=blue vlink=purple><div class=WordSection1><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>YES!&nbsp; parentEventID would PERFECTLY match our use case.&nbsp; The problem with eventSeriesID is that it implies an EventSeries &#8220;Class&#8221;, which is different in nature than an &#8220;Event&#8221;.&nbsp; We have found that nesting events hierarchically (via parentEventID) is more flexible and simpler (and in some ways more powerful).&nbsp; <o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Aloha,<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Rich<o:p></o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'> Markus Döring [mailto:m.doering@mac.com] <br><b>Sent:</b> Wednesday, August 20, 2014 11:32 AM<br><b>To:</b> Richard Pyle<br><b>Cc:</b> Anne Thessen; Robert Guralnick; Éamonn Ó Tuama; TDWG Content Mailing List<br><b>Subject:</b> Re: [tdwg-content] Darwin Core: proposed news terms for expressing sample data<o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><p class=MsoNormal>Hi Rich,<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>this is where the eventSeriesID comes in to group related events. I always wondered if we should rather use a parentEventID term instead to capture arbitrary nesting levels. That would match your use case a lot, right?<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Markus<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On 20 Aug 2014, at 20:56, Richard Pyle &lt;<a href="mailto:deepreef@bishopmuseum.org">deepreef@bishopmuseum.org</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal><br><br><o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Just a quick comment on Events &#8211; we use a hierarchical event model, such that there might be an Event defined for an expedition, with child events for particular legs of an expedition, and grandchild events for dives, and possibly great-grandchild events for individual collecting events within a dive.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>In our context, Events are simply the intersection of place and time, with the implication that &#8220;something&#8221; noteworthy happened at that place and time (and typically including metadata about &#8220;who&#8221;).&nbsp; The &#8220;time&#8221; is represented as a range, and the &#8220;location&#8221; can be anything from a precise GPS coordinate to &#8220;Planet Earth&#8221;.&nbsp; Events are created at a level of granularity of place and time commensurate with what the &#8220;something&#8221; is.&nbsp; For example, some events may span many years across a large geographic area, or in a very precise place across a fraction of a second. The degree of nesting events hierarchically is also flexible, commensurate with a human interpretation of how the data should be structured.&nbsp; The &#8220;something&#8221; can certainly be the sampling of material in nature, but it&#8217;s certainly not limited to that.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>None of that really addresses Rob&#8217;s questions (the answers to which I am likewise interested in), but I thought I&#8217;d add this to the pot.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Aloha,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Rich</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>&nbsp;</span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>Anne Thessen [<a href="mailto:annethessen@gmail.com">mailto:annethessen@gmail.com</a>]<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>Wednesday, August 20, 2014 7:56 AM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>Robert Guralnick; Eamonn O Tuama<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>TDWG Content Mailing List; Richard Pyle<br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>Re: [tdwg-content] Darwin Core: proposed news terms for expressing sample data</span><o:p></o:p></p></div></div></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Hi Rob<br>I would like to respond to your item number 2.<br>From my perspective, I deal with lots of published descriptions of taxa. The text might say something like &quot;I saw species A in the Chesapeake Bay, the Adriatic Sea and the Indian Ocean and the biomass is 5 - 9 grams&quot;. The biomass range obviously corresponds to at least three different occurrences, but how to divide the biomass data? I would love to be able to have an *event* to attach it all to. There is almost two different levels of events - a sampling event and a &quot;study event&quot;. The &quot;study event&quot; would correspond to the type of event I would like to use in the above example. It may not be ideal, but for the old literature that might be the best we can do.<br>I have to admit that I don't know enough about trawl data to understand why an event core would be a problem. It seems that the trawl would be an event and each biomass measure (of each fish) would be attached to a separate occurrence which is attached to that event. Am I understanding this wrong?<br>btw - I found a workaround for the example I gave, so it's not impossible to model with the current structure....<br>Anne<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On 8/20/2014 1:16 PM, Robert Guralnick wrote:<o:p></o:p></p></div></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>Éamonn&nbsp;et al. --- Thanks for the clarifications. &nbsp;I think these help a ton but it raises a couple more questions for me. &nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>1) &nbsp; I am surprised that you plan to use of MeasurementorFact extension in relation to the Event core, which seems like a novel (or perhaps awkward or unintended?) mechanism for capturing environmental data, but the same extension was not be seen as relevant for describing samples? Can you explain more about the thinking there?<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>2) &nbsp;There may be a subtle issue here extending &quot;Event&quot; to be more what you call a &quot;Sampling Event Core&quot;. &nbsp;My read of this is that Darwin Core serves as a way to deal with point occurrences and Event reflects the context of a single capture event (whether a single observation, or a bulk sample capture). &nbsp;The changes recommended seem to dramatically extend and change that meaning? &nbsp;Its simply a question that I don't have answer to, but is Darwin Core, the right vehicle to start capturing repeated measures of biomass values from trawls? &nbsp; I don't have answer but man, terms like quantityType (as a property of occurrence?) give me pause. &nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>3) &nbsp;Is Sampling Unit a controlled vocabulary? For another project, I have looked through - and captured scope, effort and completeness measures from - a large number of published biotic area inventories. &nbsp;The vast majorities of these are measured in units like bucket hours, or trap nights. &nbsp;Is a &quot;bucket&quot; part of SamplingGeometry or Sampling Unit? &nbsp;I'd be happy to send along all the many examples of how biotic inventories of an area are completed and perhaps it might be good to see how those might be represented using the terms you are proposing?&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Best, Rob<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>&nbsp;<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Wed, Aug 20, 2014 at 10:16 AM, Richard Pyle &lt;<a href="mailto:deepreef@bishopmuseum.org" target="_blank"><span style='color:purple'>deepreef@bishopmuseum.org</span></a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Same here &#8211; Events are central to the work that we do.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Aloha,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>Rich</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt'><div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>&nbsp;</span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><a href="mailto:tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank"><span style='color:purple'>tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org</span></a><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>[mailto:<a href="mailto:tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org" target="_blank"><span style='color:purple'>tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org</span></a>]<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><b>On Behalf Of<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span></b>Anne Thessen<br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>Wednesday, August 20, 2014 2:59 AM<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank"><span style='color:purple'>tdwg-content@lists.tdwg.org</span></a></span><o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal><br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>Re: [tdwg-content] Darwin Core: proposed news terms for expressing sample data<o:p></o:p></p></div></div></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>Hello<br>I would just like to comment on *event core*.<br>I've been doing a lot of work translating published data into Darwin Core. During that process I've wished several times that I could use Event as core. I am happy to hear about that proposed change. It will make it easier to model the data I am working with.<br>Anne<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On 8/20/2014 7:04 AM, Éamonn Ó Tuama [GBIF] wrote:<o:p></o:p></p></div></div><blockquote style='margin-top:5.0pt;margin-bottom:5.0pt'><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Hi Rob,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Thank you for the feedback. I have tried to address the two main issues you raise below. At the outset, I would like to emphasise that much of this work is taking place in the context of the EU BON project which includes a task on developing/enhancing tools and standards for data sharing with a particular focus on the IPT for publishing sample-based data. So, we were constrained by the need to publish sample-based data sets in the Darwin Core Archive format and to demonstrate practical application using a working prototype. When the discussion on the TDWG list faded out, we took it to our EU BON partners whose requirements were essential input to further development. We recognise that these discussions took place away from TDWG (although the TDWG/EU BON contributors overlapped) and this is the reason we are presenting &nbsp;the outcomes here for further consideration.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>*<b>Event core</b>*</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>As the SIGS report indicated, sample data can be modelled in Darwin Core Archives using either Occurrence or Event as core. This was the starting point for our evaluation but as things progressed the data wrangling pushed the model back towards the Event core. We actually went through the exercise of mapping multiple test datasets in an&nbsp;iterative process spanning several months' work. In the end, we found that using an Event core better matched the typical sample data we were dealing with, allowing use of a measurement-or-fact extension to be included for the efficient expression of environmental information associated with the event. The choice comes down to an Occurrence core or an Event core + Occurrence extension. In both cases, the true observation records are Occurrences. The big difference is what type the core has and therefore to which kind of records you can attach further facts and extra information with DwC-A extensions. Many sampling datasets have very rich information about the site and event, so it is very natural to hang facts from an Event core. When picking the Occurrence core those facts would have to be repeated for each and every occurrence record. Moreover, our approach doesn&#8217;t stop anyone from using the Occurrence core if they so wish.&nbsp;This just provides a different option for datasets that better fit an Event core model.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>I want to stress that we are not building a &#8220;specific IPT version&#8221; to support an Event core but, rather, we adapted the IPT so that it can be configured to support any generic &#8220;core + extension&#8221; format to enable its use for exploration of more data formats. &nbsp;This is part of the core codebase and there were no custom forks of the IPT for this work. &nbsp;Our view at GBIF is that if there are significant numbers of data publishers who are keen to adopt, promote and use a (any) format, and the tools can be configured to do so, then we should support it, and, if necessary, use a custom namespace.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>*<b>New terms around abundance</b>*</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Yes, the discussion on TDWG did fade out but it was clear that the term &#8220;abundance&#8221; &nbsp;as recommended by the SIGS report (along with abundanceAsPercent) was confusing many when we were looking for term(s) that reported quantitative measures of organisms in a sample. It also became clear we would need to be able to state the type of quantity being measured. An alternative suggestion for using the MeasurementsOrFact class was immediately shot down.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>As some of our main use cases were coming from the EU BON project, discussion shifted to that forum and consensus formed about the currently proposed terms. It was within this group that the additional terms (samplingGeometry, samplingUnit, eventSeriesID) were proposed and where we began testing with sample data sets.</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Best regards,</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif"'>Éamonn</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>&nbsp;</span><o:p></o:p></p></div><div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in'><div><p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span class=apple-converted-space><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>&nbsp;</span></span><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'><a href="mailto:robgur@gmail.com" target="_blank"><span style='color:purple'>robgur@gmail.com</span></a><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>[<a href="mailto:robgur@gmail.com" target="_blank"><span style='color:purple'>mailto:robgur@gmail.com</span></a>]<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><b>On Behalf Of<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span></b>Robert Guralnick<br><b>Sent:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>19 August 2014 16:56<br><b>To:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>Éamonn Ó Tuama [GBIF]<br><b>Cc:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>TDWG Content Mailing List<br><b>Subject:</b><span class=apple-converted-space>&nbsp;</span>Re: [tdwg-content] Darwin Core: proposed news terms for expressing sample data</span><o:p></o:p></p></div></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp; Hi&nbsp;Éamonn --- I am curious about the outcomes presented in the SIGS paper, in particular, this portion of the paper: &nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&quot;Solutions without introducing an event core in Darwin Core Archives: &nbsp;During the review of the solutions for the uses cases, it became apparent that either model could be applied to every use case. The core and extensions bore a complementary relationship and between them could express all the required information. The core simply provided the central anchor in the star schema from which to join the additional information. Therefore, using the Occurrence core, well established in the GBIF network through uptake of the IPT, seemed more appropriate than inventing CollectingEvent as an additional core type.&quot;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp;That SIGS paper has John Wieczorek and you both as authors, including many luminaries across the biodiversity standards spectrum. &nbsp;Given the above, its curious to see the EventCore come back again, along with a specific IPT version to support it. &nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp; &nbsp; So I see two issues, conflated, in this post you just made. &nbsp;One is the need for an EventCore at all, and the nature of relating Event and Occurrence/Material Sample. &nbsp;The second is the introduction of new terms, which seemingly have arrived after debate on similar terms - but framed around abundance - stalled a year ago. &nbsp;To my mind, these both require some further discussion, because I don't (necessarily) see TDWG community coherence around either issue?<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>Best, Rob<o:p></o:p></p></div></div><div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div></div><div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>&nbsp;<o:p></o:p></p><div><div><p class=MsoNormal>On Tue, Aug 19, 2014 at 6:11 AM, Éamonn Ó Tuama [GBIF] &lt;<a href="mailto:eotuama@gbif.org" target="_blank"><span style='color:purple'>eotuama@gbif.org</span></a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p></div><div><div><p class=MsoNormal>Dear All,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>GBIF is committed to exploring ways in which the IPT and Darwin Core Archive format can be extended for publishing sample-based data sets. In association with the EU BON project [1], a customised version of the IPT [2] has been deployed to test this using a special type of Darwin Core Archive in which the core is an &#8220;Event&#8221; with associated taxon occurrences in an &#8220;Occurrence&#8221; extension.<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>The Darwin Core vocabulary already provides a rich set of terms with many relevant for describing sample-based data. Synthesising several sources of input (GBIF organised workshop on sample data, May 2013 [3], discussions on the TDWG mailing list in late 2013; internal discussion among EU BON project partners), five new terms relating to sample data were identified as essential. The complete model including these new terms are fully described with examples in the online document &#8220;Publishing sample data using the GBIF IPT&#8221; [4].<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>As a first step towards ratification, we would like to register the new terms in the DwC Google Code tracker [5] if there are no major objections on this list. The five terms are:<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><p style='margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt'>1.<span style='font-size:7.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span></span><b>quantity</b>: the number or enumeration value of the quantityType (e.g., individuals, biomass, biovolume, BraunBlanquetScale) per samplingUnit or a percentage measure recorded for the sample.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><p style='margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt'>2.<span style='font-size:7.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span></span><b>quantityType</b>: :&nbsp; the entity being referred to by quantity, e.g., individuals, biomass, %species, scale type.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><p style='margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt'>3.<span style='font-size:7.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span></span><b>samplingGeometry</b>: an indication of what kind of space was sampled; select from point, line, area or volume.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><p style='margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt'>4.<span style='font-size:7.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span></span><b>samplingUnit</b>: the unit of measurement used for reporting the quantity in the sample, e.g., minute, hour, day, metre, metre^2, metre^3.&nbsp; It is combined with quantity and quantityType to provide the complete measurement, e.g., 9 individuals per day,&nbsp; 4 biomass-gm per metre^2.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><p style='margin-bottom:0in;margin-bottom:.0001pt'>5.<span style='font-size:7.0pt'>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span></span><b>eventSeriesID</b>: an identifier for a set of events that are associated in some way, e.g., a monitoring series; may be a global unique identifier or an identifier specific to the series.<o:p></o:p></p><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Best regards,<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>Éamonn<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>[1]<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><a href="http://eubon.eu/" target="_blank"><span style='color:purple'>http://eubon.eu</span></a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>[2]<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><a href="http://eubon-ipt.gbif.org/" target="_blank"><span style='color:purple'>http://eubon-ipt.gbif.org</span></a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>[3]<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><a href="http://www.standardsingenomics.org/index.php/sigen/article/view/sigs.4898640" target="_blank"><span style='color:purple'>http://www.standardsingenomics.org/index.php/sigen/article/view/sigs.4898640</span></a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>[4]&nbsp;<span style='color:#1F497D'><a href="http://links.gbif.org/sample_data_model" target="_blank"><span style='color:purple'>http://links.gbif.org/sample_data_model</span></a></span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><span style='color:#1F497D'>[5]<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><a href="https://code.google.com/p/darwincore/issues/list" target="_blank"><span style='color:purple'>https://code.google.com/p/darwincore/issues/list</span></a></span><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>____________________________________________________<o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:9.0pt'>Éamonn Ó Tuama, M.Sc., Ph.D. (<a href="mailto:eotuama@gbif.org" target="_blank"><span style='color:purple'>eotuama@gbif.org</span></a>),</span></i><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:9.0pt'>Senior Programme Officer for Interoperability,</span></i><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:9.0pt'>Global Biodiversity Information Facility Secretariat,</span></i><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:9.0pt'>Universitetsparken 15, DK-2100, Copenhagen Ø, DENMARK</span></i><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal><i><span style='font-size:9.0pt'>Phone:&nbsp;<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><a href="tel:%2B45%203532%201494" target="_blank"><span style='color:purple'>+45 3532 1494</span></a>; Fax:&nbsp;<span class=apple-converted-space>&nbsp;</span><a href="tel:%2B45%203532%201480" target="_blank"><span style='color:purple'>+45 3532 1480</span></a></span></i><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>_______________________________________________<br>tdwg-content mailing list<br><a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank"><span style='color:purple'>tdwg-content@lists.tdwg.org</span></a><br><a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank"><span style='color:purple'>http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</span></a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br><br><br><o:p></o:p></p><pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre><pre>tdwg-content mailing list<o:p></o:p></pre><pre><a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank"><span style='color:purple'>tdwg-content@lists.tdwg.org</span></a><o:p></o:p></pre><pre><a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank"><span style='color:purple'>http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</span></a><o:p></o:p></pre></blockquote><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'>&nbsp;<o:p></o:p></p><pre>-- <o:p></o:p></pre><pre>Anne E. Thessen, Ph.D.<o:p></o:p></pre><pre>The Data Detektiv, Owner and Founder<o:p></o:p></pre><pre>Ronin Institute, Research Scholar<o:p></o:p></pre><pre><a href="tel:443.225.9185" target="_blank"><span style='color:purple'>443.225.9185</span></a><o:p></o:p></pre></div></div></div><p class=MsoNormal style='margin-bottom:12.0pt'><br>_______________________________________________<br>tdwg-content mailing list<br><a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org" target="_blank"><span style='color:purple'>tdwg-content@lists.tdwg.org</span></a><br><a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank"><span style='color:purple'>http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</span></a><o:p></o:p></p></div><div><p class=MsoNormal>&nbsp;<o:p></o:p></p></div></div></blockquote><div><p class=MsoNormal><br><br><br><o:p></o:p></p></div><pre>-- <o:p></o:p></pre><pre>Anne E. Thessen, Ph.D.<o:p></o:p></pre><pre>The Data Detektiv, Owner and Founder<o:p></o:p></pre><pre>Ronin Institute, Research Scholar<o:p></o:p></pre><pre>443.225.9185<o:p></o:p></pre></div><p class=MsoNormal><span style='font-size:9.0pt;font-family:"Helvetica","sans-serif"'>_______________________________________________<br>tdwg-content mailing list<br><a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br><a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</a><o:p></o:p></span></p></div></div><p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p></div></div></div></body></html>