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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Hi All,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">I&#8217;m on my way home from Berlin, and catching up on this thread.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">I wanted to take this opportunity to describe what Rob Whitton and I have been working on over the past year or so, along these lines.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Basically, we&#8217;ve been running with the idea of an &#8220;Individual&#8221; class &#8211; as originally proposed by Steve and discussed at some length on this list a while ago.&nbsp;
 This has been documented for DSW:<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><a href="https://code.google.com/p/darwin-sw/wiki/ClassIndividual">https://code.google.com/p/darwin-sw/wiki/ClassIndividual</a><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">We have (or intend to) drop the &#8220;Organism&#8221; part, so it&#8217;s just an &#8220;Individual&#8221; &#8211; because in our data model it doesn&#8217;t need to be limited to an organism.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Anyway, the reason I mention this here is that we have found it to be a very powerful tool for tracking our data much more closely to &#8220;reality&#8221; than is achieved
 when force-fitting everything into the Occurrence class.&nbsp; I also mention it because we are using it for the same function that the proposed MaterialSample/ID seems to be used for.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">We define an &#8220;Individual&#8221; as the physical &#8220;something&#8221; that underpins an Occurrence.&nbsp; In the case of organisms, this can be a group (herd, school, flock, etc.),
 specimen (either a single specimen, or a lot of multiple specimens), or any sort of derivative of a specimen (part, tissue sample, dna extraction, etc.).&nbsp; It corresponds to the intended meaning of dwc:individualID (<a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#individualID">http://rs.tdwg.org/dwc/terms/index.htm#individualID</a>),
 and also to the meaning of &#8220;CollectionObject&#8221; from the old ASC/MVZ data model (see also:
<a href="https://www.idigbio.org/wiki/images/c/c9/Phase_I_Report.pdf">https://www.idigbio.org/wiki/images/c/c9/Phase_I_Report.pdf</a>).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">So far, it seems to be a very stable and functional unit for tracking myriad kinds of biodiversity information.&nbsp; It is linked from the Occurrence table, and
 is the thing to which taxon determinations are applied.&nbsp; It&#8217;s also the thing that represents museum collections objects.&nbsp; The key is that it is hierarchical.&nbsp; For example, there may be one instance of an &#8220;Individual&#8221; that is a school of fish observed on a
 reef, representing an occurrence.&nbsp; That Individual instance may have a child &#8220;Lot&#8221; of, say 5 specimens that were speared and preserved for a Museum. Each of the five specimens might then be assigned its own individual instance, as children of the &quot;Lot&#8220;.&nbsp; Then,
 when one or more tissue samples are extracted from one or more of the specimens, those are represented as additional &#8220;Individual&#8221; instances that are children of the respective specimen individual.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">What&#8217;s nice about the way we manage this is that there is inheritance up and down the hierarchy chain.&nbsp; For example, if the &#8220;School&#8221; individual is associated
 with an Occurrence (observation/collection event), then all of its children can inherit this information.&nbsp; Likewise, a taxonomic determination can be applied to any individual in the hierarchy, and that identification can be inherited up or down the hierarchy
 as appropriate (the meaning of &#8220;appropriate&#8221; is a bit involved, but I&#8217;d be happy to elaborate).<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">I&#8217;ve been out of this discussion for a while, but I guess my main question/point is to ask whether there has been any progress towards incorporating the concept
 of the Darwin-SW concept of &#8220;Individual&#8221; (<a href="https://code.google.com/p/darwin-sw/wiki/ClassIndividual">https://code.google.com/p/darwin-sw/wiki/ClassIndividual</a>) into DWC, and if so, whether this might be a better way of managing materialSample/ID.<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Aloha,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Rich<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0in 0in 0in 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext"> tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org [mailto:tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org]
<b>On Behalf Of </b>Steve Baskauf<br>
<b>Sent:</b> Saturday, May 25, 2013 1:08 AM<br>
<b>To:</b> John Deck<br>
<b>Cc:</b> TDWG Content Mailing List<br>
<b>Subject:</b> Re: [tdwg-content] New Darwin Core terms proposed relating to material samples<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">John and John,<br>
<br>
OK, great!&nbsp; I think this all makes sense to me now.&nbsp; I think that that in the wiki discussion you might eventually make the comment that although materialSampleID is conveniently grouped with other terms under the Occurrence class, a material sample does not
 have to be a sample from a living organism which is documented in an Occurrence.&nbsp; It could be something that may or may not be known to contain one or more living organisms (e.g. water samples), part of one or more organisms (e.g. tissue samples), or even
 no known living organisms (e.g. rock samples).&nbsp; Well anyway, you should say that if it is true.&nbsp; I think that was the intention when the term was being discussed.&nbsp; You can confirm whether I have this right or not.<br>
<br>
Steve<br>
<br>
John Deck wrote: <o:p></o:p></p>
<div>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Steve,
</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Thanks for your comments. &nbsp;Responding to both of your emails here.</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">We&#8217;ve removed the class and now have just the MaterialSample dwctype and a materialSampleID property. &nbsp;dwctype:MaterialSample refines
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">&nbsp;</span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747"><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747</span></a><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">.
 &nbsp;&nbsp;Also, we&#8217;ve updated materialSampleID to be a new term in the dwc/terms namespace instead of referencing the MiXS namespace. &nbsp;In our original proposal, we suggested using the MIxS RDF namespace for this property, however, the GSC did not make MIxS-as-RDF
 a standard, as decided recently at GSC15, so we&#8217;ve chosen not to use that term (by convention) and instead propose creating our own materialSampleID property in the dwc/terms namespace. &nbsp;&nbsp;(A side note: the GSC is still very much interested in MIxS as RDF and
 we&#8217;ll continue to maintain and implement </span><a href="https://code.google.com/p/mixs-as-rdf/"><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">https://code.google.com/p/mixs-as-rdf/</span></a><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">
 in conjunction with the MIxS developers).</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Modification to proposed terms:</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Term Name: MaterialSample</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Identifier:
</span><a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://rs.tdwg.org/dwc/dwctype/MaterialSample</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Namespace:
</span><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1155CC"><a href="http://">http:/</a></span><a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">rs.tdwg.org/dwctype/</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Label: Material Sample</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Definition: The category of information pertaining to the physical results of a sampling (or subsampling) event. In biological collections,
 the material sample is typically collected, and either preserved or destructively processed.</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Comment: For discussion see
</span><a href="http://code.google.com/p/darwincore/wiki/DwCTypeVocabulary"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://code.google.com/p/darwincore/wiki/DwCTypeVocabulary</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">
 (there will be no further documentation here until the term is ratified)</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Type of Term:
</span><a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Refines:
</span><a href="http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Status: proposed</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Date Issued: 2013-03-28</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Date Modified: 2013-05-25</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Has Domain:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Has Range:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Refines:
</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Version: MaterialSample-2013-05-25</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Replaces:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">IsReplaceBy:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Class:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">ABCD 2.0.6: not in ABCD (someone please confirm or deny this)</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Term Name: materialSampleID</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Identifier:
</span><a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSampleID</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Namespace:
</span><a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://rs.tdwg.org/dwc/terms/</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Label: Material Sample ID</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Definition: An identifier for the MaterialSample (as opposed to a particular digital record of the material sample). In the absence of
 a persistent global unique identifier, construct one from a combination of identifiers in the record that will most closely make the materialSampleID globally unique.</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Comment: For discussion see
</span><a href="http://code.google.com/p/darwincore/wiki/MaterialSample"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://code.google.com/p/darwincore/wiki/MaterialSample</span></a><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">
 (this page will not exist until the term is ratified).</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Type of Term:
</span><a href="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#Property"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#Property</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Refines:
</span><a href="http://purl.org/dc/terms/identifier"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">http://purl.org/dc/terms/identifier</span></a><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Status: proposed</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Date Issued: 2013-03-28</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Date Modified: 2013-05-25</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Has Domain:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Has Range:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Version: materialSampleID-2013-05-25</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Replaces:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">IsReplaceBy:</span><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">Class:
</span><u><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1155CC"><a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurrence">http://rs.tdwg.org/dwc/terms/Occurrence</a></span></u><o:p></o:p></p>
<p style="margin:0in;margin-bottom:.0001pt"><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#500050">ABCD 2.0.6: not in ABCD (someone please confirm or deny this)</span><o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal"><br>
<span style="font-size:11.5pt;font-family:&quot;Arial&quot;,&quot;sans-serif&quot;">John D. and John W.
</span><o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Mon, May 20, 2013 at 7:39 PM, Steve Baskauf &lt;<a href="mailto:steve.baskauf@vanderbilt.edu" target="_blank">steve.baskauf@vanderbilt.edu</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Here is the second question.&nbsp; The proposal proposes a new MaterialSample class<br>
<a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample" target="_blank">http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample</a><br>
which is in the &quot;main&quot; (dwc:=<a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/" target="_blank">http://rs.tdwg.org/dwc/terms/</a> ) namespace.&nbsp; I guess my question is why we need this class.&nbsp; I can definitely see a rational for a new class defined as part of the DwC type
 vocabulary (i.e. dwctype:MaterialSample).&nbsp; It would be used to type resources that are material samples.&nbsp; But the class terms in the main (dwc:) namespace are used as a convenient way to group DwC property terms that might reasonably be used with instances
 of that class.&nbsp; However, there really aren't any such terms.&nbsp; <br>
<br>
We already have a convention in which not every type vocabulary class term has a corresponding class term in the main (dwc:) namespace.&nbsp; There are dwctype:PreservedSpecimen, dwctype:LivingSpecimen, dwctype:FossilSpecimen, dwctype:HumanObservation, dwctype:MachineObservation,
 and dwctype:NomenclaturalChecklist, none of which have dwc: namespace analogues.&nbsp; So why does MaterialSample need a dwc: namespace analog?&nbsp;
<br>
<span style="color:#888888"><br>
<span class="hoenzb">Steve</span></span> <o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
John Wieczorek wrote: <o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">Dear all,<br>
<br>
TDWG could see a lot of activity in 2013 in anticipation of the meeting in Florence in October. Much of the activity is related to enabling integration across multiple parts of our domain. We have the Audubon Core under review for biodiversity-related media
 and an impending RDF Guide to supplement the already extant Text and XML Guides for Darwin Core.<br>
<br>
This message is to bring your attention to another integrative initiative, to introduce terms into Darwin Core that will form a nexus between Occurrences and the interesting things that happen with physical materials that result from them, such as, but not
 limited to, genetic sequencing. A series of meetings for a little over the past year have inspired our colleagues in the Genomics Standards Consortium (GSC) to propose to their constituency to align their terms with Darwin Core, including adopting some of
 the Darwin Core terms in place of their own that have the same meaning. Out of these discussions has come the realization that neither community has terms to accommodate the concept of an identifiable (objectively, not taxonomically), trackable material sample.
 &nbsp;This message constitutes such a proposal.<br>
<br>
This proposal would have no impact on those publishing purely taxonomic data. It would also have no impact on those publishing occurrence data unless they want to increase their capacity to distinguish material samples from organisms more rigorously than is
 now possible using only the dwc:preparations term.<br>
<br>
The initial request for new terms can be found in the Darwin Core Issue tracker as
<a href="http://code.google.com/p/darwincore/issues/detail?id=167" target="_blank">
http://code.google.com/p/darwincore/issues/detail?id=167</a>. Below I have elaborated nad formalized the request into the three distinct terms under consideration, initiating the 30 day minimum public review process to seek consensus on their inclusion in the
 Darwin Core standard. Your job, should you choose to accept it, is to discuss the merits or any perceived problems in the inclusion of these three terms in Darwin Core.<br>
<br>
Below I will give the proposed properties of three terms as they would appear in the Darwin Core Quick Reference Guide, though these properties would be included in the RDF of the normative form of the documentation.<br>
<br>
A new MaterialSample class: This is for the purpose of organizing properties, just as the existing classes (Occurrence, Event, Location, GeologicalContext, Identification, Taxon, etc.) do, without having any terms declare this class as their domain.
<br>
<br>
Term Name: MaterialSample<br>
Identifier: <a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample" target="_blank">
http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample</a><br>
Namespace: <a href="http://" target="_blank">http:/</a><a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms" target="_blank">rs.tdwg.org/dwc/terms</a><br>
Label: Material Sample<br>
Definition: The category of information pertaining to the physical results of a sampling (or subsampling) event. In biological collections, the material sample is typically collected, and either preserved or destructively processed, with the intention of being
 representative of a greater whole.<br>
Comment: For discussion see <a href="http://code.google.com/p/darwincore/wiki/MaterialSample" target="_blank">
http://code.google.com/p/darwincore/wiki/MaterialSample</a> (this page will not exist until the term is ratified).<br>
Type of Term: <a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class" target="_blank">
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class</a><br>
Refines:<br>
Status: proposed<br>
Date Issued: 2013-03-28<br>
Date Modified: 2013-04-08<br>
Has Domain:<br>
Has Range:<br>
Version: MaterialSample-2013-03-28<br>
Replaces:<br>
IsReplaceBy:<br>
Class:<br>
ABCD 2.0.6: not in ABCD (someone please confirm or deny this)<br>
<br>
A Darwin Core Type Vocabulary value for basisOfRecord is needed to represent this new class of information. Luckily, a term already exists in the Ontology for Biomedical Investigations (<a href="http://www.ontobee.org/browser/rdf.php?o=OBI&amp;iri=http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747" target="_blank">http://www.ontobee.org/browser/rdf.php?o=OBI&amp;iri=http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747</a>).
 We and the GSC both propose to reuse this class within Darwin Core as below, making it the cross-ver point between the two domains.<br>
<br>
Term Name: MaterialSample<br>
Identifier: <a href="http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample" target="_blank">
http://rs.tdwg.org/dwc/terms/MaterialSample</a><br>
Namespace: <a href="http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747</a><br>
Label: material sample<br>
Definition: A material entity that has the material sample role<br>
Comment: For discussion see <a href="http://code.google.com/p/darwincore/wiki/DwCTypeVocabulary" target="_blank">
http://code.google.com/p/darwincore/wiki/DwCTypeVocabulary</a> (there will be no further documentation here until the term is ratified)<br>
Type of Term: <a href="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class" target="_blank">
http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#Class</a><br>
Refines:<a href="http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0100051" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0100051</a><br>
Status: recommended<br>
Date Issued: 2013-03-28<br>
Date Modified: 2013-03-28<br>
Has Domain:<br>
Has Range:<br>
Version: MaterialSample-2013-03-28<br>
Replaces:<br>
IsReplaceBy:<br>
Class:<br>
ABCD 2.0.6: not in ABCD<br>
<br>
In keeping with all other classes in Darwin Core, the Material Sample class would have a corresponding identifier property. The Genomics Standards Consortium (GSC) is in the process of proposing this term. If it is accepted, we propose to use it, and its properties
 would be as below, otherwise, the properties would be the same, but have the Darwin Core namespace and identifier URI.<br>
<br>
Term Name: materialSampleID<br>
Identifier: <a href="http://gensc.org/ns/mixs/materialSampleID" target="_blank">http://gensc.org/ns/mixs/materialSampleID</a><br>
Namespace: <a href="http://gensc.org/ns/mixs" target="_blank">http://gensc.org/ns/mixs</a><br>
Label: Material Sample ID<br>
Definition: An identifier for the MaterialSample (as opposed to a particular digital record of the material sample). In the absence of a persistent global unique identifier, construct one from a combination of identifiers in the record that will most closely
 make the materialSampleID globally unique.<br>
Comment: For discussion see <a href="http://code.google.com/p/darwincore/wiki/MaterialSample" target="_blank">
http://code.google.com/p/darwincore/wiki/MaterialSample</a> (this page will not exist until the term is ratified).<br>
Type of Term: <a href="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#Property" target="_blank">
http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#Property</a><br>
Refines: <a href="http://purl.org/dc/terms/identifier" target="_blank">http://purl.org/dc/terms/identifier</a><br>
Status: proposed<br>
Date Issued: 2013-03-28<br>
Date Modified: 2013-04-08<br>
Has Domain:<br>
Has Range:<br>
Version: materialSampleID-2013-03-28<br>
Replaces:<br>
IsReplaceBy:<br>
Class: <a href="http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747" target="_blank">http://purl.obolibrary.org/obo/OBI_0000747</a><br>
ABCD 2.0.6: not in ABCD (someone please confirm or deny this) <o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<pre>-- <o:p></o:p></pre>
<pre>Steven J. Baskauf, Ph.D., Senior Lecturer<o:p></o:p></pre>
<pre>Vanderbilt University Dept. of Biological Sciences<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>postal mail address:<o:p></o:p></pre>
<pre>PMB 351634<o:p></o:p></pre>
<pre>Nashville, TN&nbsp; 37235-1634,&nbsp; U.S.A.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>delivery address:<o:p></o:p></pre>
<pre>2125 Stevenson Center<o:p></o:p></pre>
<pre>1161 21st Ave., S.<o:p></o:p></pre>
<pre>Nashville, TN 37235<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>office: 2128 Stevenson Center<o:p></o:p></pre>
<pre>phone: <a href="tel:%28615%29%20343-4582" target="_blank">(615) 343-4582</a>,&nbsp; fax: <a href="tel:%28615%29%20322-4942" target="_blank">(615) 322-4942</a><o:p></o:p></pre>
<pre>If you fax, please phone or email so that I will know to look for it.<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://bioimages.vanderbilt.edu" target="_blank">http://bioimages.vanderbilt.edu</a><o:p></o:p></pre>
<pre>&nbsp;&nbsp;&nbsp; <o:p></o:p></pre>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
_______________________________________________<br>
tdwg-content mailing list<br>
<a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>
<a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</a><o:p></o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br clear="all">
<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<p class="MsoNormal">-- <br>
John Deck<br>
(541) 321-0689<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>-- <o:p></o:p></pre>
<pre>Steven J. Baskauf, Ph.D., Senior Lecturer<o:p></o:p></pre>
<pre>Vanderbilt University Dept. of Biological Sciences<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>postal mail address:<o:p></o:p></pre>
<pre>PMB 351634<o:p></o:p></pre>
<pre>Nashville, TN&nbsp; 37235-1634,&nbsp; U.S.A.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>delivery address:<o:p></o:p></pre>
<pre>2125 Stevenson Center<o:p></o:p></pre>
<pre>1161 21st Ave., S.<o:p></o:p></pre>
<pre>Nashville, TN 37235<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre>
<pre>office: 2128 Stevenson Center<o:p></o:p></pre>
<pre>phone: (615) 343-4582,&nbsp; fax: (615) 322-4942<o:p></o:p></pre>
<pre>If you fax, please phone or email so that I will know to look for it.<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://bioimages.vanderbilt.edu">http://bioimages.vanderbilt.edu</a><o:p></o:p></pre>
</div>
</div>
<br>
<hr>
<font face="Arial" color="Gray" size="2">This message is only intended for the addressee named above. Its contents may be privileged or otherwise protected. Any unauthorized use, disclosure or copying of this message or its contents is prohibited. If you have
 received this message by mistake, please notify us immediately by reply mail or by collect telephone call. Any personal opinions expressed in this message do not necessarily represent the views of the Bishop Museum.<br>
</font>
</body>
</html>