<html><head></head><body bgcolor="#FFFFFF"><div>Steve &amp; Cam,</div><div><br></div><div>Thanks for your responses, very helpful. It does seem that at least I wasn't making gross errors in my understanding of the current DSW.</div><div><br></div><div>Just to give some context, I'm trying to prototype some ways of using semantic web standards to formally assert relationships between concepts in biodiversity specimen record annotation, and those in annotating metagenomics sequence experiments (or results). I want to use DSW on one side for this, in order to have a stringent representation of the key concepts, and I am creating an OWL ontology corresponding to GCDML for the other side.<br><br>-hilmar<div><span class="Apple-style-span" style="-webkit-tap-highlight-color: rgba(26, 26, 26, 0.292969); -webkit-composition-fill-color: rgba(175, 192, 227, 0.226562); -webkit-composition-frame-color: rgba(77, 128, 180, 0.226562);"><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="-webkit-tap-highlight-color: rgba(26, 26, 26, 0.296875); -webkit-composition-fill-color: rgba(175, 192, 227, 0.230469); -webkit-composition-frame-color: rgba(77, 128, 180, 0.230469); ">Sent with a tap.</span></div></div><div><br>On Jan 26, 2012, at 7:49 PM, Steve Baskauf &lt;<a href="mailto:steve.baskauf@vanderbilt.edu">steve.baskauf@vanderbilt.edu</a>&gt; wrote:<br><br></div><div></div><blockquote type="cite"><div>


  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">


Hilmar,<br>
Cam summarized the situation with DSW
(<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://code.google.com/p/darwin-sw/">http://code.google.com/p/darwin-sw/</a>) pretty accurately.&nbsp; Additional
comments: <br>
<br>
It has been suggested that the way forward on Darwin Core is not to try
to rewrite the standard to do everything that everyone wants, but to
build on it in a layered fashion.&nbsp; The first layer might be to simply
define terms for the purpose of standardization.&nbsp; The second layer
might be to nail down the relationships among the class and property
terms of the first layer and to establish how they could be represented
in RDF to allow for data transmission.&nbsp; A third layer (based on the
framework laid out in the second layer) might be to describe more
complex semantics that could be used for reasoning.&nbsp; As I've described
this, the first layer is already in place in the form of the current
standard.&nbsp; DSW is an attempt to create a second layer.&nbsp; Although we
didn't put much in the way of complex semantics into DSW, we hoped that
we did not do anything that would prevent someone from using it as the
basis for a third layer.&nbsp; <br>
<br>
Again, recapitulating what others have said previously, there wouldn't
necessarily have to be single "upper" layers on this cake that I
described.&nbsp; Particularly on layer three, people might create different
ontologies to accomplish different things.&nbsp; But minimizing the number
of second layers to the smallest possible number would be desirable if
the goal is data interchange.&nbsp; That's one reason why I took great pains
to try to document what I thought I was hearing as far as community
consensus was concerned.&nbsp; You can look at the various wiki pages to
judge for your self the extent to which I was successful.&nbsp; There were
certain decisions that Cam and I made (such as creating those object
properties to connect the DwC classes rather than trying to make use of
the various existing DwC ID terms, and assigning ranges and domains to
some of the terms) which may or may not have been good ideas.&nbsp; As Cam
said, we were hoping for discussion and constructive criticism on our
approach, which we would still welcome.&nbsp; <br>
<br>
Bob was correct in his post that I (but perhaps not Cam) have pretty
much reached my limits as far as my ability to add meaningfully to what
we've put into DSW (and Bob was also basically correct in his outline
of design criteria).&nbsp; DSW does for me what I need - provides a way to
structure RDF describing my images.&nbsp; At this point I'm trying to focus
my efforts on the work of the TDWG RDF/OWL task group, in particular
coming up with a beginner's guide to RDF and to try to compile a list
of issues that have been raised in the past to complement whatever Joel
has gotten from his survey.&nbsp; So I probably won't be putting much
further effort into DSW development.<br>
<br>
Steve<br>
<br>
Cam Webb wrote:
<blockquote cite="mid:alpine.LFD.2.00.1201261426360.5129@localhost6.localdomain6" type="cite">
  <pre wrap="">Dear Hilmar,

Thanks for your questions about DSW.  Steve will have more to add, but the 
simple answer is that DSW was not indented to say anything new about the 
existing DwC classes themselves, other than offering a suggestion, based 
on Steve's extensive search for community consensus on usage in the 
tdwg-content list, of how the classes best relate to one another.  These 
relations are indicated by the coining of a set of predicates that offer 
more semantic content than the generic dwc:relatedResourceID, and permit 
more succinct SPARQL searches, as Bob pointed out.

Based on Steve's review, the range of ways of using the dwc:Occurrence 
class has been wide, and we suggested a restricted usage in this ontology: 
the documented presence of an individual organism at a particular event (= 
space x time); a specimen/photo/observation is in this case not the 
occurrence itself, but provides evidence for the occurrence.

This all depends on the one new class in DSW, the IndividualOrganism, 
which Steve and others have been proposing as a fundamental class for 
modeling biodiversity data.  With an IndividualOrganism class, we can 
easily link from the knowledge domain of biological specimens to that of 
population biology, where observed/remeasured individuals are the core 
unit.

We developed DSW to serve our pragmatic need for a semantic template with 
which to serve data as RDF. Reasoning with it is possible, as you and Bob 
noted, but I agree, the range of discoveries is limited, because of the 
few logical restrictions currently in DSW. Perhaps we should not have used 
the word `ontology' to describe it?

As is still the case now as when Steve announced DSW to tdwg-content, we 
consider DSW primarily a suggestion for further discussion, and hopefully 
for further community development (i.e. via the nascent TDWG RDF/OWL Task 
Group).  It `makes sense' to us, and we're using it to model data, but 
would appreciate significant comment and criticism, including the need to 
add more logical restrictions.

Best,

Cam

[ There's more on our rationale behind DSW at:
   <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://code.google.com/p/darwin-sw/wiki/Rationale">http://code.google.com/p/darwin-sw/wiki/Rationale</a> ]

On Wed, 25 Jan 2012, Hilmar Lapp wrote:

  </pre>
  <blockquote type="cite">
    <pre wrap="">Hi Steve and Cam,

I have a question re: your design of the current Semantic Darwin Core 
ontology. (And this is assuming that with the published 0.2 version I 
have the latest one in hand.)

My understanding is that all classes in DSW are imported from either DwC 
or DC (or FOAF), in order to reuse those terms. While that's a good idea 
in principle, it seems that DSW is actually not saying much new (in a 
semantic sense) about them, except to declare them to be OWL classes, 
and to assert them as disjoint from each other (or equivalent in one 
case). DSW then adds a variety of object (and some data) properties, 
which distinguish themselves from those in DwC by declaring domain and 
range axioms for them. But that doesn't say anything about the classes 
either, nor does it, I would argue, about the properties - domain and 
range constraint really only say something about the instances for which 
one asserts those properties.

So by itself the DSW won't allow me to infer anything about the classes 
and properties in the ontology (aside from disjointness), though it will 
allow me to make more inferences about instance data to which it is 
applied than DwC would. And those additional inferences would consist 
only of the instances' class memberships (and their non-memberships).

I'm wondering a) whether I'm missing something here and am in error, and 
if not, b) whether the above was indeed the extent of what you wanted to 
achieve with DSW. Either way, what are your current plans with the 
ontology? It doesn't seem to have changed for a while.

(And please forgive me if this isn't the right list to post to - I 
couldn't find a DSW-specific one on the Google code homepage.)

Cheers,

        -hilmar
-- 
===========================================================
: Hilmar Lapp  -:- Durham, NC -:- <a href="http://informatics.nescent.org">informatics.nescent.org</a> :
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    </pre>
  </blockquote>
  <pre wrap=""><!---->
.

  </pre>
</blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Steven J. Baskauf, Ph.D., Senior Lecturer
Vanderbilt University Dept. of Biological Sciences

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Nashville, TN  37235-1634,  U.S.A.

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</pre>


</div></blockquote></body></html>