<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
<head>
  <meta content="text/html;charset=ISO-8859-1" http-equiv="Content-Type">
</head>
<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
Rod,<br>
What you have suggested (looking at known RDF providers) can and
certainly should be done.&nbsp; However, looking at the sources we already
know about isn't going to help us discover the sources we don't know
about.&nbsp; That's what the survey is for.&nbsp; Also, the list you provided is
(as is typical for TDWG) heavy on taxonomy and light on the broad range
of resources we want to be relating (Occurrences, Identifications,
Locations, genes, DNA sequences, etc.).&nbsp; Hopefully we can discover more
examples of how people are modeling those things in RDF.<br>
<br>
Steve<br>
<br>
Roderic Page wrote:
<blockquote
 cite="mid:50F724C7-1D38-41E0-B872-36F3C27BB449@bio.gla.ac.uk"
 type="cite">Dear Joel,
  <div><br>
  </div>
  <div>I guess part of the problem with surveys is that they require
people to do work without any immediately obvious benefit to them.</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>Couldn't many of the questions here be tackled simply by looking
at the RDF people are pumping out, given that it's essentially
self-describing?</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>For example, harvest a record from each of the major RDF users
(uBio, ION, IPNI, Index Fungorum, ZooBank, CoL, WoRMS, ALA, UniProt,
etc.) and:</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>1. build list of vocabularies used</div>
  <div>2. list shared vocabularies</div>
  <div>3. look for any shared identifiers</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>One quick way to do this would be to look at the cache for <a
 moz-do-not-send="true" href="http://lsid.tdwg.org">http://lsid.tdwg.org</a>
(assuming it has one). If <a moz-do-not-send="true"
 href="http://tdwg.org">tdwg.org</a> doesn't have a cache I have one at
  <a moz-do-not-send="true"
 href="http://darwin.zoology.gla.ac.uk/%7Erpage/lsid/tester/cache/">http://darwin.zoology.gla.ac.uk/~rpage/lsid/tester/cache/</a>
(and another one at <a moz-do-not-send="true"
 href="http://bioguid.info">http://bioguid.info</a> ). This will give a
good sense of what is actually being used (rather than what people say
is being used).</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>Then the task is to discover what is unique to a particular
project, and what vocabularies are used for the same things (why oh why
do we have two different sets of vocabularies for taxonomic names, for
example?).</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>My recent grumbles about RDF mainly concern the lack of shared
identifiers, which is harder to assess because you need to look at a
multiple records. But my guess is that very few RDF providers reuse
other providers' identifiers. People who aggregate may well end up
using lots of identifiers to cope with this, but ideally we'd want
taxonomic concept databases (e.g., CoL) to use nomenclator identifiers
for names (e.g., ION, ZooBank, IPNI, Index Fungorum), and existing
identifiers for literature (e.g., DOIs, PubMed). So, the question is,
how connected is the biodiversity data web? (not very, is the short
answer). It shouldn't be too hard to quantify this, and identify what
needs to be done to fix the problem (for example, what links could we
add to make the biodiversity data cloud coalesce more rapidly?).</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>What we're seeing outside biodiversity is the growth of services
that say identifier x is the same as identifier y (e.g., <a
 moz-do-not-send="true" href="http://sameas.org/">http://sameas.org/</a>
and <a moz-do-not-send="true" href="http://identifiers.org/">http://identifiers.org/</a>),
which reflects the adage that there's no problem in computer science
that can't be solved by adding a layer of indirection. t I'd argue that
this is symptomatic of a failure of to reuse identifiers -- which one
could also argue is a natural consequence of the way the we use the
web, but that' s another argument ;)</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>
  <div>Regards</div>
  <div><br>
  </div>
  <div>Rod</div>
  <div><br>
  <div>
  <div>On 16 Nov 2011, at 04:18, joel sachs wrote:</div>
  <br class="Apple-interchange-newline">
  <blockquote type="cite">
    <div>Hi Everyone,<br>
    <br>
One of the action items out of the kick-off meeting of the new RDF/OWL <br>
best practices group was a questionnaire with two purposes: i) to
assess <br>
people's expectations and wishes for the group; and ii) to serve as an
RDF <br>
audit, a partial "state of the semantic web in TDWG".<br>
    <br>
The questionnaire is at <a moz-do-not-send="true"
 href="http://code.google.com/p/tdwg-rdf/wiki/Survey">http://code.google.com/p/tdwg-rdf/wiki/Survey</a><br>
    <br>
All are encouraged to participate (especially the 20 or so people who <br>
volunteered to do so at the kick-off).<br>
    <br>
Filling out the survey myself, I realized that it can actually take a
lot <br>
of time to present and explain an organization's rdf . So please, don't
be <br>
shy about answering in parts. Take ten minutes to provide some <br>
pointers now, and then return later to provide more detailed
explanations.<br>
    <br>
For the first ten people to complete the survey, I will buy beer at <br>
iEvoBio 2012 (or whenever I next see you).<br>
    <br>
Thanks!<br>
Joel.<br>
    <br>
    <br>
_______________________________________________<br>
tdwg-content mailing list<br>
    <a moz-do-not-send="true" href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</a><br>
    <br>
    </div>
  </blockquote>
  </div>
  <br>
  <div><span class="Apple-style-span"
 style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; font-size: medium;">---------------------------------------------------------<br>
Roderic Page<br>
Professor of Taxonomy<br>
Institute of Biodiversity, Animal Health and&nbsp;Comparative Medicine<br>
College of Medical, Veterinary and Life&nbsp;Sciences<br>
Graham Kerr Building<br>
University of Glasgow<br>
Glasgow G12 8QQ, UK<br>
  <br>
Email:&nbsp;<a moz-do-not-send="true" href="mailto:r.page@bio.gla.ac.uk">r.page@bio.gla.ac.uk</a><br>
Tel: +44 141 330 4778<br>
Fax: +44 141 330 2792<br>
AIM: <a moz-do-not-send="true" href="mailto:rodpage1962@aim.com">rodpage1962@aim.com</a><br>
Facebook:&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
 href="http://www.facebook.com/profile.php?id=1112517192">http://www.facebook.com/profile.php?id=1112517192</a><br>
Twitter:&nbsp;<a moz-do-not-send="true" href="http://twitter.com/rdmpage">http://twitter.com/rdmpage</a><br>
Blog:&nbsp;<a moz-do-not-send="true" href="http://iphylo.blogspot.com">http://iphylo.blogspot.com</a><br>
Home page:&nbsp;<a moz-do-not-send="true"
 href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html</a><br>
  </span></div>
  <br>
  </div>
  </div>
</blockquote>
<br>
<pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Steven J. Baskauf, Ph.D., Senior Lecturer
Vanderbilt University Dept. of Biological Sciences

postal mail address:
VU Station B 351634
Nashville, TN  37235-1634,  U.S.A.

delivery address:
2125 Stevenson Center
1161 21st Ave., S.
Nashville, TN 37235

office: 2128 Stevenson Center
phone: (615) 343-4582,  fax: (615) 343-6707
<a class="moz-txt-link-freetext" href="http://bioimages.vanderbilt.edu">http://bioimages.vanderbilt.edu</a>
</pre>
</body>
</html>