<meta charset="utf-8">Hi Donat,<div><br></div><div><div class="gmail_quote">On Sun, Jan 9, 2011 at 4:55 AM, Donat Agosti <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:agosti@amnh.org">agosti@amnh.org</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<br>
A simple solution would be that in future to each usage of a name in<br>
taxonomic literature, at least for treatments, the name has to be<br>
explicitly linked to the underlying specimen or observation data. Since<br>
this is part of a treatment, the identifier should allow to retrieve the<br>
treatment and through it the specimen data or at least the observation<br>
data and the author who used it in this specific selection.<br>
<br></blockquote><div><br></div><div>This is the goal I have been trying to achieve with TaxonConcept.org.</div><div><br></div><div>An open, resolvable, identifier that provides some information as to what the entity is.</div>
<div><br></div><div>With the use of namespaces these can be short and easy to use.</div><div><br></div><div>Puma concolor se:v6n7p - the current scientific name followed by the asserted concept.</div><div><br></div><div>They are currently not as informative as I would like, but allow linked descriptions, revisions, type specimens, DNA etc.</div>
<div><br></div><div>Eventually the curation of these concepts would be done by taxon experts, who should receive some sort of academically meaningful credit.</div><div><br></div><div>This credit could be easily tracked via Linked Open Data identifiers.</div>
<div><br></div><div>As I have said many times on the list, I would like to work with out in conjunction with GBIF, EoL and the rest of the community.</div><div><br></div><div>I was not involved in the planning or development of the GNI, my role was simply to test ways of connecting various names to some sort of &quot;concept&quot; using the Linked Open Data approach. At the TDWG meeting we were able to show that this could be used to create a queryable synonymy knowledge base.</div>
<div><br></div><div>As I have said before, I think it is best to start with concepts and then connect that concept to the various related names.</div><div><div><br></div><div>Like Rod, I also like uBio and I am sure he would support moving those resources to an updated vocabulary that does not use LSID&#39;s.</div>
<br></div><div>Respectfully,</div><div><br></div><div>- Pete</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
Donat<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
&gt; Why aren&#39;t identifiers reused?<br>
&gt; ----------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; Because in most cases they offer no added value. If I have a ITIS TSN<br>
&gt; there&#39;s not much I can do with it. I can get a name from ITIS (with<br>
&gt; some vague assurance that thus name is accepted - or not - with no<br>
&gt; evidence for this assertion). I can think of only two taxonomic<br>
&gt; identifiers that have real value and get much reuse, NCBI taxonomy ids<br>
&gt; and uBio NameBankIDs. NCBI ids are reused because they underpin the<br>
&gt; genomics databases, and genomics does real computational biology, and<br>
&gt; makes extensive reuse of data (as exemplified by the annual Nucleic<br>
&gt; Acids Research database issue). uBio NameBankIDs get reused because<br>
&gt; uBio has lots of names, and provides services for discovering those<br>
&gt; names in text (see, e.g., their use by BHL).<br>
&gt;<br>
&gt; Few taxonomic name databases provide a compelling reason for anyone to<br>
&gt; use their identifiers, most being digital sinks (you go there, get an<br>
&gt; identifier for a name, and nothing else).<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; Why UUIDS?<br>
&gt; ----------------<br>
&gt;<br>
&gt; UUIDs are ugly, and solve a problem that for the most part we don&#39;t<br>
&gt; have. They are ideal for minting globally unique identifiers in a<br>
&gt; distributed system, but we don&#39;t have distributed systems. Catalogue<br>
&gt; of Life uses UUIDs, but these are centrally created (I suspect using<br>
&gt; MySQL&#39;s UUID function, given how similar the UUIDs are to each other).<br>
&gt; ZooBank uses them, but it is not (yet) a distributed system. If the<br>
&gt; Catalogue of Life were genuinely a distributed system UUIDs would make<br>
&gt; sense, but that&#39;s not actually how it works.<br>
&gt;<br>
&gt; I think users would cope with UUIDs if the databases using them<br>
&gt; provides clear value. For example, MusicBrainz uses UUIDs<br>
&gt; <a href="http://musicbrainz.org/artist/563201cb-721c-4cfb-acca-c1ba69e3d1fb.html" target="_blank">http://musicbrainz.org/artist/563201cb-721c-4cfb-acca-c1ba69e3d1fb.html</a><br>
&gt; , as does Mendeley, the latter hiding them from users via human-<br>
&gt; readable URLs. Given that we have obvious user-friendly candidates for<br>
&gt; URLs (taxonomic names), it would be trivial to hide UUIDs in names<br>
&gt; (making homonyms distinct by adding authorship, or whatever it took to<br>
&gt; make them unique as strings).<br>
&gt;<br>
&gt; What, if anything, is a taxonomic name?<br>
&gt; ----------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt; In my experience, when non-taxonomists meet taxonomists things get<br>
&gt; ugly. For example, a publisher wanting to mark up taxonomic names in<br>
&gt; text might ask taxonomists how to do this,and within minutes the<br>
&gt; taxonomists are off into discussions of namestrings versus usages<br>
&gt; versus concepts and pretty soon the publisher deeply regrets ever<br>
&gt; asking the question. I&#39;ve been at meetings where the look in<br>
&gt; publishers&#39; eyes said &quot;run away, run away&quot;.<br>
&gt;<br>
&gt; Part of the reason we have multiple databases is because different<br>
&gt; projects are capturing different things (roughly speaking, uBio is<br>
&gt; mostly about namestrings, Catalogue of Life is about concepts, IPNI<br>
&gt; and ZooBank are about first usage of a name, etc.)<br>
&gt;<br>
&gt; Most users outside our field won&#39;t give a damn about the niceties of<br>
&gt; these distinctions, yet we persist in discussing them ad nauseam.<br>
&gt; Until we provide a single, very simple service that takes a name<br>
&gt; string and hides all this complexity (unless the user chooses to see<br>
&gt; the gory details) while still providing useful information, we will be<br>
&gt; stuck in multiple identifier hell. The tragedy is  we&#39;ve never had<br>
&gt; more people genuinely interested in linking to names than at present<br>
&gt; -- publishers are desperately trying to add &quot;semantic value&quot; to their<br>
&gt; content, and we are spectacularly ill-equipped to deliver this (and<br>
&gt; it&#39;s our own fault).<br>
&gt;<br>
&gt; I rather suspect we&#39;re rapidly approaching the point where users<br>
&gt; outside taxonomy will simply say &quot;to hell with these taxonomists,<br>
&gt; let&#39;s just use Wikipedia and be done with it.&quot;<br>
&gt;<br>
&gt; Regards<br>
&gt;<br>
&gt; Rod<br>
&gt;<br>
&gt; ---------------------------------------------------------<br>
&gt; Roderic Page<br>
&gt; Professor of Taxonomy<br>
&gt; Institute of Biodiversity, Animal Health and Comparative Medicine<br>
&gt; College of Medical, Veterinary and Life Sciences<br>
&gt; Graham Kerr Building<br>
&gt; University of Glasgow<br>
&gt; Glasgow G12 8QQ, UK<br>
&gt;<br>
&gt; Email: <a href="mailto:r.page@bio.gla.ac.uk">r.page@bio.gla.ac.uk</a><br>
&gt; Tel: +44 141 330 4778<br>
&gt; Fax: +44 141 330 2792<br>
&gt; AIM: <a href="mailto:rodpage1962@aim.com">rodpage1962@aim.com</a><br>
&gt; Facebook: <a href="http://www.facebook.com/profile.php?id=1112517192" target="_blank">http://www.facebook.com/profile.php?id=1112517192</a><br>
&gt; Twitter: <a href="http://twitter.com/rdmpage" target="_blank">http://twitter.com/rdmpage</a><br>
&gt; Blog: <a href="http://iphylo.blogspot.com" target="_blank">http://iphylo.blogspot.com</a><br>
&gt; Home page: <a href="http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html" target="_blank">http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/rod.html</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
</div></div><div class="im">&gt; _______________________________________________<br>
&gt; tdwg-content mailing list<br>
&gt; <a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</a><br>
&gt;<br>
<br>
<br>
</div>--<br>
Dr. Donat Agosti<br>
Research Associate, American Museum of Natural History and Smithsonian<br>
Institution<br>
<br>
Email: <a href="mailto:agosti@amnh.org">agosti@amnh.org</a><br>
Web: <a href="http://antbase.org" target="_blank">http://antbase.org</a><br>
CV: <a href="http://research.amnh.org/entomology/social_insects/agosticv_2003.html" target="_blank">http://research.amnh.org/entomology/social_insects/agosticv_2003.html</a><br>
<br>
Swiss Residence<br>
Elahieh<br>
Ave. Khazer no. 74<br>
19649 Teheran<br>
Iran<br>
<br>
+98-21-2200 8765 (office)<br>
+98-21-2260 6160 (home)<br>
+98-919-489 2744 (mobile)<br>
+1-202-558 0330 (skype-in US)<br>
+41-44-5862911 (skype-in Switzerland)<br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Dr. Donat Agosti<br>
Research Associate, American Museum of Natural History and Smithsonian<br>
Institution<br>
<br>
Email: <a href="mailto:agosti@amnh.org">agosti@amnh.org</a><br>
Web: <a href="http://antbase.org" target="_blank">http://antbase.org</a><br>
CV: <a href="http://research.amnh.org/entomology/social_insects/agosticv_2003.html" target="_blank">http://research.amnh.org/entomology/social_insects/agosticv_2003.html</a><br>
<br>
Swiss Residence<br>
Elahieh<br>
Ave. Khazer no. 74<br>
19649 Teheran<br>
Iran<br>
<br>
+98-21-2200 8765 (office)<br>
+98-21-2260 6160 (home)<br>
+98-919-489 2744 (mobile)<br>
+1-202-558 0330 (skype-in US)<br>
+41-44-5862911 (skype-in Switzerland)<br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
_______________________________________________<br>
tdwg-content mailing list<br>
<a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a><br>
<a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/tdwg-content</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>---------------------------------------------------------------<br>Pete DeVries<br>Department of Entomology<br>University of Wisconsin - Madison<br>445 Russell Laboratories<br>
1630 Linden Drive<br>Madison, WI 53706<br><a href="http://www.taxonconcept.org/" target="_blank">TaxonConcept Knowledge Base</a> / <a href="http://lod.geospecies.org/" target="_blank">GeoSpecies Knowledge Base</a><br><a href="http://about.geospecies.org/" target="_blank">About the GeoSpecies Knowledge Base</a><br>
------------------------------------------------------------<br>
</div>