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<body lang="EN-NZ" link="blue" vlink="purple" ocsi="x">
<div dir="ltr"><font color="#000000" size="2" face="Tahoma">I completely agree with you Rich about the 'atoms', and nailing those down first.</font></div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma">This is the ideal situation of course, and could be, I suspect, applied to all name datasets that exist if we persisted enough.&nbsp; There are some cases where they dont have any details about the 'atoms' - in which case
 I suppose there would be required a huge effort on behalf of specialists to untangle the mess - but isdoable.</font></div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma"></font>&nbsp;</div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma">I think it would be too restrictive to not apply IDs to the &quot;sets of TNU IDs&quot; though.&nbsp; Especially as this &quot;set&quot; is what is used in&nbsp;a lot of cases to relate to things like distribution, biostatus, vernacular names,
 etc.&nbsp; </font></div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma"></font>&nbsp;</div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma">Perhaps we need a general rule though to not allow a Taxon without a base TNU&nbsp; :-)</font></div>
<div dir="ltr"><font size="3" face="Times New Roman"></font>&nbsp;</div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma">I am also fairly uncomfortable with applying IDs to the reasonably dynamic Taxon, but so long as we tie them to TNUs, we will always have the building blocks to work with.</font></div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma"></font>&nbsp;</div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma">Kevin</font></div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma"></font>&nbsp;</div>
<div dir="ltr"><font size="2" face="tahoma"></font>&nbsp;</div>
<div style="DIRECTION: ltr" id="divRpF27906">
<hr tabindex="-1">
<font size="2" face="Tahoma"><b>From:</b> Richard Pyle [deepreef@bishopmuseum.org]<br>
<b>Sent:</b> Monday, 5 July 2010 7:26 p.m.<br>
<b>To:</b> Kevin Richards; tdwg-content@lists.tdwg.org<br>
<b>Subject:</b> RE: [tdwg-content] Taxon Concept dilemma<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div dir="ltr" align="left"><span class="720581407-05072010"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial">This is why I'm very uncormfortable with the entire notion of &quot;taxonID&quot;.&nbsp; The main reason I'm pushing so hard for taxonNameUsageID's (ala GNUB) is that
 these are the &quot;atoms&quot; (as Dave R. calls them) of both nomenclature *and* most existing concept definitions.&nbsp; If we can get permanent and widely shared/re-used IDs on these &quot;atoms&quot;, then we can assmble the complex molecules from them.&nbsp; Someone's notion of a
 taxon concept then becomes a set of TNUID's.&nbsp; I have mixed feelings about branding these sets with permanent GUIDs; but if we did, this is what I imagine taxonID in DwC would (ultimately) represent.&nbsp; If we want to archive the sets for posterity, then we can
 certainly brand them with IDs.&nbsp; But I tend to think these can instead by dynamic services, that assemble the sets either algorithmically, or through the fingertips of experts.</font></span></div>
<div dir="ltr" align="left"><span class="720581407-05072010"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"></font></span>&nbsp;</div>
<div dir="ltr" align="left"><span class="720581407-05072010"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial">So...I guess before we do anything, we need to get a common sense for what is intended to be represented by taxonID.&nbsp; I suspect my own view is not shared
 by all (or even most).</font></span></div>
<div dir="ltr" align="left"><span class="720581407-05072010"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial"></font></span>&nbsp;</div>
<div dir="ltr" align="left"><span class="720581407-05072010"><font color="#0000ff" size="2" face="Arial">Rich</font></span></div>
<br>
<blockquote style="BORDER-LEFT: #0000ff 2px solid; PADDING-LEFT: 5px; MARGIN-LEFT: 5px; MARGIN-RIGHT: 0px">
<div dir="ltr" lang="en-us" class="OutlookMessageHeader" align="left">
<hr tabindex="-1">
<font size="2" face="Tahoma"><b>From:</b> tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org [mailto:tdwg-content-bounces@lists.tdwg.org]
<b>On Behalf Of </b>Kevin Richards<br>
<b>Sent:</b> Sunday, July 04, 2010 5:44 PM<br>
<b>To:</b> tdwg-content@lists.tdwg.org<br>
<b>Subject:</b> [tdwg-content] Taxon Concept dilemma<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Hello all,</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"></span>&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">I have an issue that I would like some comment on…</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US"></span>&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">We have some data that covers Taxa, Names and Concept relationships.</span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US">Eg</span></p>
<p style="TEXT-INDENT: -18pt" class="MsoListParagraph"><span>-<span style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span><span lang="EN-US">A Taxon table that contains the nomenclatural details &#43; accepted name &#43; parent name</span></p>
<p style="TEXT-INDENT: -18pt" class="MsoListParagraph"><span>-<span style="FONT: 7pt 'Times New Roman'">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
</span></span><span lang="EN-US">Concept &#43; relationship tables that contain details about the name &#43; references where the name has been used in a taxonomic sense (ie not nomenclatural information) – this is specifically a link between the Name and a Reference</span></p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">We have fairly permanent Ids for the Taxon Name (nomenclatural) and the Concepts, but I now what to consider the ID to cover the whole Taxon (ie the Nomenclatural data &#43; taxon rank &#43; parent name &#43; accepted name, etc, as “we” understand
 them).&nbsp; (Probably equivalent to the taxonID in Dwc)</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">The problem is this tends to be much more dynamic data – ie, in this particular case we have aggregated data from a variety of providers and are in continual revision of this data - as we revise the data the details such as the accepted
 name may change – this troubles me a bit, because this could be seen as fundamentally changing the definition of the object behind the taxonID.&nbsp; However, I suspect this is a common case that people find themselves in – ie revision/tidying of aggregated datasets
 must be quite common.</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">I would prefer to NOT change the taxonID every time we revise that data (taking the angle that these changes are corrections, so are not changing the object itself).</p>
<p class="MsoNormal">Should it be OK to have an object type like this, that is likely to change, but keep the ID permanent for it – ie accept that some object types are quite dynamic?</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">The only other option is to maintain a hideous version audit trail, that probably hinders the use of the data more than it benefits the end user by providing “stability”.</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">Any thoughts?</p>
<p class="MsoNormal">&nbsp;</p>
<p class="MsoNormal">Kevin</p>
</div>
<br>
<hr>
<font color="green" size="1" face="Arial">Please consider the environment before printing this email<br>
Warning: This electronic message together with any attachments is confidential. If you receive it in error: (i) you must not read, use, disclose, copy or retain it; (ii) please contact the sender immediately by reply email and then delete the emails.<br>
The views expressed in this email may not be those of Landcare Research New Zealand Limited. http://www.landcareresearch.co.nz<br>
</blockquote>
</font></div>
<br>
<hr>
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The views expressed in this email may not be those of Landcare Research New Zealand Limited. http://www.landcareresearch.co.nz<br>
</font>
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