<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style>
<!--
 /* Font Definitions */
 @font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
 /* Style Definitions */
 p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0cm;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
span.EmailStyle17
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;}
@page Section1
        {size:612.0pt 792.0pt;
        margin:72.0pt 72.0pt 72.0pt 72.0pt;}
div.Section1
        {page:Section1;}
-->
</style><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
 <o:shapelayout v:ext="edit">
  <o:idmap v:ext="edit" data="1" />
 </o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body lang="EN-NZ" link="blue" vlink="purple">
<div class="Section1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;
color:#1F497D">You said: &#8220;</span>What I am getting at is that for a number of uses. Aedes triseriatus and Ochlerotatus triseriatus are the same &quot;species concept&quot;<span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;
color:#1F497D">&#8220;<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;
color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;
color:#1F497D">I would think that would be up to the consumer of the data &#8211; they could interpret it that way if they like.&nbsp; (but this is then probably another concept in
 it self?? Ie &#8220;</span>Aedes triseriatus and Ochlerotatus triseriatus are the same &quot;species concept&quot;<span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"> according to Consumer X&#8221; ??<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;
color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;font-family:
&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">From:</span></b><span lang="EN-US" style="font-size:10.0pt;
font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> Peter DeVries [mailto:pete.devries@gmail.com]
<br>
<b>Sent:</b> Friday, 11 June 2010 9:29 a.m.<br>
<b>To:</b> Kevin Richards<br>
<b>Cc:</b> Richard Pyle; tdwg-content@lists.tdwg.org; Jerry Cooper<br>
<b>Subject:</b> Re: [tdwg-content] Name is species concept thinking<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">Are these concepts fixed to a particular phylogenetic hypothesis i.e. a particular genus?<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">What I am getting at is that for a number of uses. Aedes triseriatus and Ochlerotatus triseriatus are the same &quot;species concept&quot;<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Because the character &quot;pattern&quot; is the same and the set of individuals that are considered instances of that concept are the same.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">The only difference is that someone has made the assertion that the instances of that concept have a different phylogeny.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal">Also in the case of this particular species, the original description is not very informative and
<i>I believe</i> the original type specimen has been lost.<o:p></o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
</div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt">- Pete<o:p></o:p></p>
<div>
<p class="MsoNormal">On Thu, Jun 10, 2010 at 4:21 PM, Kevin Richards &lt;<a href="mailto:RichardsK@landcareresearch.co.nz">RichardsK@landcareresearch.co.nz</a>&gt; wrote:<o:p></o:p></p>
<p class="MsoNormal">I think my main point here was the fact that in most schemas we (TDWG, et al) have created, we have not really provided an ID field for (2). &nbsp;As you said (2) is the &quot;concept definition&quot; but there is no ID field (that I have come across),
 for referring to it explicitly.<br>
<br>
My thought would be to have something like:<br>
<br>
<a href="http://zoobank.org/taxonconcept/12345-ABCDE" target="_blank">http://zoobank.org/taxonconcept/12345-ABCDE</a><br>
<br>
that returns data for the &quot;whole&quot; taxon concept (ie 2), not just the Name &#43; Reference<br>
<br>
I think it is really a data/technical issue - ie the way the schemas/models are defined, a Taxon Concept ID includes, and only includes, a Name ID and a Reference ID. &nbsp;This is based on my understanding of TCS - perhaps DwC is different??<br>
<span style="color:#888888"><br>
Kevin</span><o:p></o:p></p>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal" style="margin-bottom:12.0pt"><br>
<br>
-----Original Message-----<br>
From: Richard Pyle [mailto:<a href="mailto:deepreef@bishopmuseum.org">deepreef@bishopmuseum.org</a>]<br>
Sent: Friday, 11 June 2010 9:03 a.m.<br>
To: Kevin Richards; 'Peter DeVries'<br>
Cc: <a href="mailto:tdwg-content@lists.tdwg.org">tdwg-content@lists.tdwg.org</a>; Jerry Cooper<br>
Subject: RE: [tdwg-content] Name is species concept thinking<br>
<br>
&gt; This is something that has been slightly confused over the years, ie there<br>
seems to be 2 ways of defining a &quot;taxon concept&quot;:<br>
&gt; 1. A Taxon Name (nomenclatural data) &#43; Literature Reference - ie Name X as<br>
defined in article Y<br>
&gt; 2. As you have said a grouping of data that define a taxon concept (Name &#43;<br>
Reference &#43; Synonyms &#43; Type Specimen &#43; Protologue, .)<br>
<br>
I don't think of these as two different ways of defining a concept. &nbsp;I see<br>
#1 as a way of *pointing to* a taxon concept definition, and #2 as the<br>
concept definition itself. &nbsp;Basically, #1 (usage instance) is effectively a<br>
container or an identifier for the taxon concept definition.<br>
<br>
However, there is somewhat of a dichotmy in the way that taxon concepts are<br>
defined - one is by included members (i.e., specimens, presumably including<br>
at least one name-bearing type specimen, from which a name-label is<br>
derived), the other is by properties (i.e. characters -- morphologic,<br>
genetic, or otherwise). &nbsp;In practice, most concept definitions include both.<br>
But I think the &quot;definition&quot; of the concept (i.e., the circumscription<br>
boundaries) is the same for both -- it's just that those boundaries can be<br>
articulated in different ways (i.e., by examplar members, and by purported<br>
properties).<br>
<br>
&gt; 1 has been covered quite well with the various schemas we have come up<br>
&gt; with over the years, but I think these schemas have failed to capture<br>
&gt; 2 very well (the data fields are there, but the encompassing ID is not),<br>
ie<br>
<br>
Agreed -- sort of. &nbsp;I think the schemas are there, but have not been<br>
organized appropriately (yet). &nbsp;See below.<br>
<br>
<br>
&gt; TaxonName ID = N1, FullName = &quot;Aus bus&quot;<br>
&gt; Reference ID = R1, Citation = &quot;Richards, how to define a taxon concept&quot;<br>
&gt; TaxonConcept ID = C1, NameID = N1, ReferenceID = R1<br>
&gt; BUT, the taxon concept C1 does not encompass all related data that defines<br>
that concept (synonyms etc)<br>
<br>
No, but it could, through a network of linkages, as I tried to describe in<br>
one of my recent posts.<br>
<br>
&gt; To do that we need more Concept Ids and relationships between these<br>
concepts, eg<br>
<br>
Exactly! &nbsp;And we need a schema-based process to capture the relevant<br>
information (diagnoses, etc.), anchored to the Concept Ids. &nbsp;At a basic<br>
level, Plazi/TaxonX does this. &nbsp;However, it usually only goes as far as the<br>
text-blob. &nbsp;To parse the text blob, we need to either look towards SDD (for<br>
character-based concept definition stuff) or DwC/Occurrence (for<br>
specimen-based concept definition stuff).<br>
<br>
&gt; ConceptRelationship ID=CR1 ConceptFromID=C2, ConceptToID =C1,<br>
RelationshipType='has preferred name'<br>
<br>
Yes, I agree we need this as well! &nbsp;But again, I see this as a way of<br>
networking pointers to taxon concept defintions, not describing the<br>
definitions themselves.<br>
<br>
Man, these conversations really hurt my brain.... :-)<br>
<br>
Aloha,<br>
Rich<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<div>
<div>
<p class="MsoNormal">Please consider the environment before printing this email<br>
Warning: &nbsp;This electronic message together with any attachments is confidential. If you receive it in error: (i) you must not read, use, disclose, copy or retain it; (ii) please contact the sender immediately by reply email and then delete the emails.<br>
The views expressed in this email may not be those of Landcare Research New Zealand Limited.
<a href="http://www.landcareresearch.co.nz" target="_blank">http://www.landcareresearch.co.nz</a><o:p></o:p></p>
</div>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
<br clear="all">
<br>
-- <br>
----------------------------------------------------------------<br>
Pete DeVries<br>
Department of Entomology<br>
University of Wisconsin - Madison<br>
445 Russell Laboratories<br>
1630 Linden Drive<br>
Madison, WI 53706<br>
GeoSpecies Knowledge Base <br>
About the GeoSpecies Knowledge Base<br>
------------------------------------------------------------<o:p></o:p></p>
</div>
</div>
<br>
<hr>
<font face="Arial" color="Green" size="1">Please consider the environment before printing this email<br>
Warning: This electronic message together with any attachments is confidential. If you receive it in error: (i) you must not read, use, disclose, copy or retain it; (ii) please contact the sender immediately by reply email and then delete the emails.<br>
The views expressed in this email may not be those of Landcare Research New Zealand Limited. http://www.landcareresearch.co.nz<br>
</font>
</body>
</html>