<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Hi Pier and Thomas,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">No. The MIXS URIs are not live yet. ASIK, they should be live in a few weeks. There is a GSC meeting on April 26. Hopefully, we will know more after that.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Here a ticket you can follow regarding MIXS URIs:</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><a href="https://github.com/tdwg/gbwg/issues/11">https://github.com/tdwg/gbwg/issues/11</a><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Bill</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, Apr 19, 2021 at 6:03 AM Pier Luigi Buttigieg <<a href="mailto:pier.buttigieg@awi.de">pier.buttigieg@awi.de</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Dear Thomas,<br>
<br>
Thanks for the application case - we still need to work on the report, <br>
which will outline what this extension is, what it's not, and how it <br>
relates to other related extensions which may pop up. We should make <br>
sure these questions are addressed therein.<br>
<br>
The mandate of this group is to create a MIxS extension with the GSC and <br>
TDWG synced - that's what will make this sustainable for partners across <br>
the board. I would strongly hesitate to call our primary output <br>
something as general as the DNA Derived Data extension (or similar) as <br>
that's a mandate we don't have.<br>
<br>
We can certainly extend it into a more general direction, but after <br>
we've anchored the GSC and TDWG standards. In this frame, the "right" <br>
way to get the fields you listed in (which make sense) is to propose the <br>
GBIF terms to the GSC to extend MIxS.<br>
<br>
For the GGBN terms, I'm not sure what kind of processes / stability / <br>
technology they have to make this work sustainably. I note they're <br>
emulating our work in the GBWG tracker. Perhaps the follow up action of <br>
this group would be to merge with them to sync further.<br>
<br>
Ultimately, if all these groups and ad hoc standards bodies get their <br>
metadata into linked data, extensions can be developed on the fly, but <br>
their sustainability still depends on some kind of process and <br>
multilateral community.<br>
<br>
@Bill - would you have guidance on using MIxS IRIs? Are they live yet?<br>
<br>
Best,<br>
Pier Luigi<br>
<br>
On 19/04/2021 10:07, Thomas Stjernegaard Jeppesen wrote:<br>
><br>
> Dear all<br>
><br>
> I have now applied all the changes to the extension I can; please can <br>
> you seethis <br>
> <<a href="https://tdwg.github.io/gbwg/dwc-mixs/dwc/extension/dna_derived_data.xml" rel="noreferrer" target="_blank">https://tdwg.github.io/gbwg/dwc-mixs/dwc/extension/dna_derived_data.xml</a>>?<br>
><br>
> I updated thispilot dataset <br>
> <<a href="https://github.com/tdwg/gbwg/issues/53#issuecomment-806515780" rel="noreferrer" target="_blank">https://github.com/tdwg/gbwg/issues/53#issuecomment-806515780</a>>accordingly.<br>
><br>
> We discussed the use of the extension for both Event and Occurrence, <br>
> therefore I set the dwc:subject to <nothing> in order to make the <br>
> extension available for all cores. It might also be useful for a <br>
> reference sequence for a Taxon.<br>
><br>
> We wonder if it would be prudent to resolve the outstanding issues and <br>
> then move this into use in GBIF with a clear statement that the <br>
> extension is pending ratification by TDWG and subject to change. GBIF <br>
> can then coordinate early adopters so that wewill get real datasets <br>
> that we canrefer to when seeking ratification. We worry that a <br>
> standard should not be ratified without significant testing,butthis <br>
> approach would alleviate thatconcernand would strengthen our task report.<br>
><br>
> Webelieve this is the outstanding tasksand decisions to be made are:<br>
><br>
>  1. The extension is called “DNA Derived Data”. Is this reasonable?<br>
>  2. Is this the correct format for the URIs,<br>
>     e.g.<a href="https://w3id.org/gensc/terms/MIXS:0000074" rel="noreferrer" target="_blank">https://w3id.org/gensc/terms/MIXS:0000074</a><br>
>     <<a href="https://w3id.org/gensc/terms/MIXS:0000074" rel="noreferrer" target="_blank">https://w3id.org/gensc/terms/MIXS:0000074</a>>?<br>
>  3. We have added atomized (forward, reverse) fields for pcr_primers –<br>
>     these are currently GBIF name spaced<br>
>     (e.g.<a href="http://rs.gbif.org/terms/pcr_primer_name_forward" rel="noreferrer" target="_blank">http://rs.gbif.org/terms/pcr_primer_name_forward</a><br>
>     <<a href="http://rs.gbif.org/terms/pcr_primer_name_forward" rel="noreferrer" target="_blank">http://rs.gbif.org/terms/pcr_primer_name_forward</a>>). Should we<br>
>     rather have MIXS IRIs for those, and what would they be?<br>
>  4. We have also added the following primer related fields that are<br>
>     currently GBIF name spaced. Should they rather have MIXS IRIs, and<br>
>     what would they be?<br>
>      1. pcr_primer_name_forward<br>
>      2. pcr_primer_name_reverse<br>
>      3. pcr_primer_reference<br>
>  5. Based on outputs fromGBIFs draft data publishing guide<br>
>     <<a href="https://docs.gbif-uat.org/publishing-dna-derived-data/1.0/en/" rel="noreferrer" target="_blank">https://docs.gbif-uat.org/publishing-dna-derived-data/1.0/en/</a>>,<br>
>     we have included the following GGBN terms in addition. Is this<br>
>     reasonable?<br>
><br>
>      1. concentration<br>
>      2. concentrationUnit<br>
>      3. methodDeterminationConcentrationAndRatios<br>
>      4. ratioOfAbsorbance260_230<br>
>      5. ratioOfAbsorbance260_280<br>
>  5. Based on outputs fromGBIFs draft data publishing guide<br>
>     <<a href="https://docs.gbif-uat.org/publishing-dna-derived-data/1.0/en/" rel="noreferrer" target="_blank">https://docs.gbif-uat.org/publishing-dna-derived-data/1.0/en/</a>>,<br>
>     we haveadditionallyincluded the following MIQE terms. Is this<br>
>     reasonable?<br>
><br>
>      1. annealingTemp<br>
>      2. annealingTempUnit<br>
>      3. probeReporter<br>
>      4. probeQuencher<br>
>      5. ampliconSize<br>
>      6. thresholdQuantificationCycle<br>
>      7. baselineValue<br>
>      8. quantificationCycle<br>
>      9. automaticThresholdQuantificationCycle<br>
>     10. automaticBaselineValue<br>
>     11. contaminationAssessment<br>
>     12. partitionVolume<br>
>     13. partitionVolumeUnit<br>
>     14. estimatedNumberOfCopies<br>
>     15. amplificationReactionVolume<br>
>     16. amplificationReactionVolumeUnit<br>
>     17. pcr_analysis_software<br>
><br>
> Best<br>
><br>
> *Thomas Stjernegaard Jeppesen*<br>
><br>
> Web developer<br>
><br>
> <a href="http://orcid.org/0000-0003-1691-239X" rel="noreferrer" target="_blank">orcid.org/0000-0003-1691-239X</a> <<a href="https://orcid.org/0000-0003-1691-239X" rel="noreferrer" target="_blank">https://orcid.org/0000-0003-1691-239X</a>><br>
><br>
> *Global Biodiversity Information Facility*<br>
><br>
> Universitetsparken 15, 2100 København Ø<br>
><br>
> <a href="http://www.gbif.org" rel="noreferrer" target="_blank">www.gbif.org</a> <<a href="https://www.gbif.org/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.gbif.org/</a>>|<a href="http://www.catalogueoflife.org/" rel="noreferrer" target="_blank">www.catalogueoflife.org/</a> <br>
> <<a href="https://www.catalogueoflife.org/" rel="noreferrer" target="_blank">https://www.catalogueoflife.org/</a>><br>
><br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> dwc-mixs mailing list<br>
> <a href="mailto:dwc-mixs@lists.tdwg.org" target="_blank">dwc-mixs@lists.tdwg.org</a><br>
> <a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/dwc-mixs" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/dwc-mixs</a><br>
<br>
-- <br>
<a href="https://orcid.org/0000-0002-4366-3088" rel="noreferrer" target="_blank">https://orcid.org/0000-0002-4366-3088</a><br>
<br>
_______________________________________________<br>
dwc-mixs mailing list<br>
<a href="mailto:dwc-mixs@lists.tdwg.org" target="_blank">dwc-mixs@lists.tdwg.org</a><br>
<a href="http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/dwc-mixs" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.tdwg.org/mailman/listinfo/dwc-mixs</a><br>
</blockquote></div>